Tajništvo Sinode čine: vlč. Mario Bernadić, generalni tajnik, te djelatnici: vlč. Dražen Kustura, vlč. Ivan Rako i Josipa Prskalo. Njima u radu pomažu i tri odbora: Odbor za odnose s javnošću u kojemu su: vlč. Dražen Kustura, predsjednik, te članovi: Miroslav Gracić i Davor Krajinović. Odbor za liturgijska slavlja kojega čine mons. Tomo Knežević, predsjednik, te članovi fra Emanuel Josić i vlč. Dubravko Turalija. U Odboru za organizacijska pitanja su vlč. Fabijan Stanušić, predsjednik, i članovi vlč. Marin Babić i Josip Papak.

Imenovani su i voditelji te članovi Povjerenstava za pet tematskih područja: Eklezijalno-pravno u kojemu su: mons. Slađan Ćosić, voditelj, te članovi: mons. Anto Ćosić, preč. Mladen Kalfić, preč. Zdenko Spajić i preč. Pero Brkić. Pastoralno: vlč. Šimo Maršić, voditelj, i članovi: vlč. Mirko Šimić, preč. Marko Mikić, Sanda Smoljo Dobrovoljski i Mirjana Medić. Religiozno-pedagoško: fra Stipo Alandžak, OFM, voditelj, te članovi: mons. Pavo Jurišić, s. M. Ivanka Mihaljević, ŠSF, s. Lidija Kalfić, KBLJ, te Sandra Bjelan-Guska. Liturgijsko: fra Danimir Pezer, OFM, voditelj, i članovi: vlč. Marko Stanušić, vlč. Ivan Rako, fra Josip Ikić, OFM, i fra Miro Relota. Medijsko: vlč. Josip Vajdner, voditelj, te članovi: mons. Ivo Tomašević, vlč. Dražen Kustura, Brane Vrbić i Maja Nikolić.

U svome radu Povjerenstva mogu tražiti mišljenja i savjete triju komisija:

• Teološke stručne komisije koju čine: Mato Zovkić, predsjednik, i članovi: fra Vili Radman, OFM i mons. Franjo Topić.
• Pravne u sastavu: fra Šimo Ivelj, OFM, predsjednik, te članovi: Marko Tomić i vlč. Ilija Marković.
• Pastoralne u kojoj su: fra Ivan Šarčević, OFM, predsjednik, i članovi: vlč. Tomislav Mlakić i vlč. Ante Vrhovac.

Također, kardinal Puljić imenovao je i Komisiju za provedbu glasovanja u kojoj se nalaze: preč. Mladen Kalfić, predsjednik, te članovi: preč. Vladimir Pranjić i Slaven Jurešić Vrhbosanske nadbiskupije.