U pismu voditelja Međunarodne federacije Arke  navodi se da je za ispitivanje angažirana vanjska istraživačka agencija da provede temeljito i neovisno istraživanje kako bi se bolje razumjela povijest zajednice, poboljšao rad u preveniranju zlostavljanja i tako poboljšala njihova sadašnja politika i praksa. Proces je uključio i odgovore na pitanja o „okolnostima vezanim za oca Thomasa (u to vrijeme je on u Arci zlostavljao odrasle žene bez intelektualnih teškoća) uključujući ulogu Jeana Vaniera u ovim okolnostima“.

Nakon ispitivanja dokumentarnih izvora kojima je L’Arche International imala pristup, i svjedočanstava do kojih su došli istražitelji, zaključeno je da je već od 1950-ih godina, suprotno onome što je izjavio, Jean Vanier bio svjestan mnogih važnih razloga za kanonsko suđenje i osudu oca Thomasa Philippea od strane Katoličke Crkve 1956. godine, tj. njegovih teorija opisanih kao „lažni misticizam“ te seksualnih praksi koje su proizašle iz tih teorija.

Otac Thomas Philippe bio je osoba kojega je Vanier opisao kao svog duhovnog oca i, kako je Vanier rekao, osoba koja ga je pozvala da osnuje Arku. Godine 2015., dvadeset i dvije godine nakon njegove smrti, Federacija je ustanovila da je otac Thomas Philippe zlostavljao odrasle žene bez teškoća dok je bio u Arci u Troslyju u Francuskoj, istovremeno vršeći službu svećenika. Vanier je mnogo puta očitova svoje neznanje o zlostavljanjima i nikad nije otkrio istinu o svojoj bliskoj povezanosti s ocem Thomasom tijekom 1950-ih.

U izvješću se navodi da je Jean Vanier, koji je tada još bio mladić, bio u bliskom odnosu povjerenja s ocem Thomasom Philippeom, i na poticaj oca Thomasa, dijelio je s njim seksualne prakse sa ženama koje su za sebe izjavile da su imale moć pristanka, i kao takve su bile opisane od strane različitih dosljednih izvora dokaza.

Godine 1956. otac Thomas Philippe osuđen je od Crkve i bio mu je zabranjen daljnji kontakt s malom skupinom u kojoj je bio i Jean Vanier. Unatoč tome, otac Thomas Philippe, Jean i nekoliko žena ostali su povezani do osnutka Arke 1964. godine. Neki od članova te grupe bili su u zajednici u Troslyju na samom početku Arke i sudjelovali su u Arci godinama, bez da su ikada otkrili prirodu svojih prvotnih odnosa.

Za razdoblje od 1970. do 2005. godine istraga je zaprimila vjerodostojna i dosljedna svjedočanstva šest odraslih žena bez teškoća koje nisu bile povezane s gore spomenutom grupom. Svaka od žena rekla je da je Jean Vanier inicirao seksualno ponašanje s njima, obično u kontekstu duhovnog vodstva. Neke od tih žena su, navodi se izvješću, duboko ranjene tim iskustvom. Jean Vanier uputio je svaku od tih žena da prirodu njihovih odnosa drže tajnom. Te žene nisu znale jedna za drugu, ali je svaka od njih iznijela slične činjenice povezane s vrlo neobičnim duhovnim ili mističnim objašnjenjima koja je Jean Vanier koristio kako bi opravdao to seksualno ponašanje. Ti postupci upućuju na duboko psihološki i duhovni utjecaj koji je Jean Vanier imao nad tim ženama i upućuju na to da je usvojio neke od izopačenih teorija i praksi oca Thomasa koje je provodio tijekom dugog perioda, pokazali su rezultati istrage.