Srednja mještovita škola preselila je u novoizgrađenu zgradu u Ulici Školska. Zemljište za izgradnju nove zgrade darovala je Vrhbosanska nadbiskupija kao naknadu za dobivenu sportsku dovranu Katoličkoga školskog centra. Preostalo je još riješti oduzetu imovinu koju koristi Kantonalni arhiv, zemljište u blizini kuće obitelji Anić, dio Isusovačkoga gaja, kuću nadbiskupa Šarića, koja se zove “ Biskupovača”, zgrade i zemljište na lokaciji Sanatorija, kuću i zgradu u Poturmahali, te zemljište u užem centru grada tkz. Grabavica.

Proces borbe za oduzetu imovinu, osobito povrat zgrade bio je težak i dugotrajan. Sve je započeo prvi rektor, nakon obnove rada i Sjemeništa, dr. Pero Pranjić, u svibnju 1998. godine. Vođeno je više sudskih postupaka koji nisu dovršeni.

Dom za ljudska prava presudio je u korist Vrhbosanske nadbiskupije potvrđujući nejednako (diskriminatorsko) postupanje prema vjerskim zajednicama od strane lokalnih vlasti. Ustavni sud je 2012. godine potvrdio je odluku Doma za ljudska prava, te izdao rješenje. Zbog neizvršenja rješnja Ustavnog suda, Vrhbosanska nadbiskupija je podnijela apelaciju Europskom sudu za ljudska prava, te dobila pozitivno rješenje. U međuvremenu, rektor Sjemeništa je 2017. godine podnio tužbu za nezakonito korištenje tuđe stvari. Zahvaljujući angažmanu advokata Adisa Ribića dobivena je presuda. Temeljem te presude Sjemenište je ušlo u posjed zgrade. Srednja mješovita škola je do dana predaje bila u najmu zgrade. O djelovanju Katoličkog školskog centra i Mješovite srednje škole Travnik izrečene su mnoge neistine i manipulacije. Uzimalo za primjer dvije škole pod jednim krovom, otpuživalo za segregaciju učenika, a suradnja je uvijek bila dobra i stalna.

Povijesni hodogram – Zgrada Velike nadbiskupske gimnazije napravljena je u razdoblju od 1882.—1889. godine, i bila je, za to vrijeme najveća zgrada – duga 72 m i široka 54m. Riječ je o posebnom arhitektonskom kompleksu s crkvom i atrijem, a urađen je po nacrtu i vodstvu Ivano Holza, rodom iz Požege. Osim Sjemeništa, Gimnazije, u Zavodu je djelovao i konvikt za vanjske đake. Vrlo uspješno su je vodili isusovci sve do oduzimanja 1954. godine. Uz iznimno bogat instrumentarij (arheološku, zoološku, kartografsku, zbirku, lapidarij, Brandisov herbarij, Zavod je imao i kabinetsku nastavu, školski orkestar i školsko kazalište. Zavod je do II. svjetskog rata odgojio plejade ljudi koji su vodili društveni, politički, kulturni, akademski i crkveni život na tim prostorima.

Ulaskom pratizanskih vlasti u Travnik u veljači 1945. godine zgrada Zavoda je oduzeta, profesori i đaci protjerani. Sva pokretna i nepokretna imovina je oduzeta, najprije u procesu sekvrestacije, a kasnije u procesu konfiskacije. Crkva nije nikad formalno-pravno oduzeta, ali nije bila u posjedu Sjemeništa. Sakralni elementi su oduzeti (4 pozlaćena oltara) s propovijedaonicom, nekoliko kipova, i ostali inventar crkve je oduzet, a dio je vraćen Nadbiskupiji 1973. godine i nalazi se u Vrhbosanskom bogoslovonom sjemeništu u Sarajevu. Ostali predmeti su uništeni, crkva je jedno vrijeme služila kao skladište za tiskaru “22. oktobar”, jedno kratko vrijeme bila je pretvorena u sportsku dvoranu. Posjeduje orginalni zapisnik sekvestriranih stvari, sam proces popisa imovina trajao je 37 dana a popisan je 2751 artikl.

Zgrada travničkog sjemeništa s popratnim objektima zauzima oko 21.000 m². Urađen je projekt obnove cjelokupne zgrade. Zbog veličine projekta, zahtjevnosti obnove, i iznimno velikih financijskih sredstava, nadaju se uključenju u realizaciju obnove Vlade F BiH, Vlade Republike Hrvatske, Županije Središnja Bosna i crkvenih-dobrotvornih ustanova i institucija iz inozemstva.

Ulazak u zgradu koja je derutna i lošem stanju, nakon 77 godina, usprkos teretu obnove, je veliki znak i razlog nade jer omogućava daljnji razvitak Katoličkog školskog centra u perspektivi odgoja i obrazovanja.