Organizirano dušobrižništvo za vojnike katolike započelo je u Bosni i Hercegovini s dolaskom austro-ugarske vlasti i trajalo je do kraja Drugoga svjetskog rata. Oživjelo je tijekom Domovinskoga rata i nakon toga se u raznim oblicima nastavilo.

Ured katoličkoga dušobrižništva utemeljen je 11. rujna 2007. zaključivanjem Sporazuma o uspostavi, ustrojstvu i načinu djelovanja katoličkoga dušobrižništva u Ministarstvu obrane i Oružanim snagama BiH između Vijeća ministara BiH i Vrhbosanske nadbiskupije.

Dana 8. travnja 2010. godine potpisan je međunarodni Ugovor između BiH i Svete Stolice o dušobrižništvu katoličkih vjernika pripadnika Oružanih snaga BiH, a 7. srpnja 2010. godine taj ugovor je ratificiran. Papa Benedikt XVI. osnovao je 1. veljače 2011. Vojni ordinarijat za BiH te istoga dana imenovao prvoga vojnog ordinarija mons. Tomu Vukšića, koji je za biskupa zaređen 2. travnja 2011. u mostarskoj katedrali Marije Majke Crkve.

Vojni ordinarijat, koji pokriva cjelokupni prostor BiH, preko kapelanija skrbi za duhovne potrebe katolika pripadnika Ministarstva obrane, Oružanih snaga i članova njihovih obitelji. U svim vojarnama, u kojima djeluju katolici, opremljeni su prikladni uredski prostori za vojne kapelane i uređene kapelice te se redovito održavaju svete mise, duhovne pripreme i pokornička bogoslužja pred Uskrs i Božić, kao i zapovjedne svetkovine.

Vojni ordinarijat sudjeluje na susretima vojnih biskupa u Rimu i na drugim stranama, na različitim međunarodnim skupovima vojnoga dušobrižništva, svake godine organizira vojna hodočašća u Lurd – Francuska (svibanj) i Mariju Bistricu – Hrvatska (listopad), te zajedno s Vrhbosanskom nadbiskupijom sudjeluje u organizaciji molitvenoga pohoda na Bobovac – općina Vareš (listopad). Također, Ordinarijat organizira humanitarne akcije i koordinira s vojnim kapelanima, župama i biskupijama u BiH distribuciju katoličkoga tiska, duhovne vježbe, hodočašća, susrete, predavanja i konferencije.