Voditelj restauratorskog odjela Hrvatskoga restauratorskog zavoda u Ludbregu i voditelj ovoga projekta restauracije i konzervacije glavnog oltara sv. Ivana Krstitelja Franjevačkog samostana u Varaždinu Tomislav Sikinger iscrpno je opisao oltar, kako je rekao, da se shvati sva veličina pothvata koji su franjevci napravili.

Oltar sv. Ivana Krstitelja uz propovjedaonicu najstariji je očuvani dio inventara ove franjevačke crkve. Podignut je između 1699. i 1702. godine, a njegovi su dijelovi u tri navrata prevezeni Dravom do Varaždina. Kiparski radovi na velikim skulpturama svetaca (Ane, Joakima, Elizabete, Zaharija, Petra i Pavla) pripisuju se mariborskom kiparu Franji Krištofu Reissu, koji ovim ciklusom ostvaruje remek-djela svoga kasnijeg razdoblja. Izvorna oltarna pala, naručena u Beču od Bernarda Weiterena, nije se očuvala, a današnju je 1857. godine naslikao Johan Beyer iz Graza. Slike iz života sv. Bonaventure i sv. Ivana Kapistrana sa središnje zone retabla naslikao je 1701. godine Ioannes Geiorgius L. Zirky. Izvornu voštanu polituru na crno bajcanom furniru od orahovine, kombiniranu s pozlaćenim aplikacijama i draperijama kipova, oltar je dobio tek 1715. godine, a izradio ju je zagrebački slikar Joakim Shidt. Oltar je repolikromirala i cjelovito obnovila radionica mariborskog pozlatara Josipa Zorattija 1908. godine, a iz te obnove potječe i današnji tabernakul.
Zbog izrazito visoke vlage koja je prodirala iz kripte ispod svetišta, te djelovanja insekata koji se hrane drvom, nastala su velika oštećenja donjih dijelova oltara, pri čemu se desni bočni dio oltara spustio za 14 cm, što je narušilo njegovu statiku.
Zbog potrebe za hitnim zaustavljanjem daljnjeg propadanja oltara, Konzervatorski odjel u Varaždinu je od Hrvatskog restauratorskog zavoda zatražio izradu elaborata s prijedlogom cjelovitih konzervatorsko-restauratorskih radova. Konzervatorsko-restauratorska istraživanja na oltaru su obavljena 2008. godine, a na temelju tehničke dokumentacije i prihvaćenog prijedloga radova, već su iduće godine započeli radovi na njegovoj sanaciji koji su povjereni Restauratorskom odjelu Hrvatskog restauratorskog zavoda u Ludbregu.
Zbog velikih dimenzija oltara, radovi na oltarnoj arhitekturi obavljani su u suradnji s „Orguljarskom radionicom Mihaljević“ d.o.o. iz Male Subotice i obrtom za restauriranje i konzerviranje umjetnina „Dok-Art“ iz Zagreba.
Posebna vrijednost oltara ogleda se, kako u njegovoj monumentalnosti, visokoj kvaliteti izrade i jedinstvenom spoju kristološke, marijanske i franjevačke ikonografije, tako i činjenici da su ovom narudžbom varaždinski franjevci u sjevernu Hrvatsku doveli Franju Krištofa Reissa, majstora vodeće kiparske radionice iz Maribora. Njegovim dolaskom početkom 18. st. nastavlja se kontinuitet prisutnost štajerskih umjetnika u Varaždinu koji su pridonijeli širenju utjecaja iz Graza, umjetničkog središta značajnog za naš kontinentalni barok.

Ravnateljica hrvatskog restauratorskog zavoda dr. Tajana Pleše podsjetila je kako je 2018. Europska godina kulturne baštine, a oltar u Varaždinu objedinjuje sve što ona želi poručiti: oltar je nastajao kroz transfer vještina, znanja i svih ostalih komponenti koje su bile potrebne da se napravi ovakvo jedno veličanstveno djelo, fenomenalan ciklus koji je spojio marijanski, kristološki i franjevački ikonografski ciklus.
Dr. Vesna Pascuttini – Juraga iz Konzervatorskog odjela u Varaždinu govorila je o povijesti dolaska franjevaca u Varaždin te o izgradnji njihova samostana i crkve. Govorila je o jednostavnosti vanjštine kao i o bogatoj unutrašnjosti spomenutih prostora te zahvatima obnove kroz dugi niz godina koji su se provodili, kao i o radovima koji su trenutačno u tijeku: obnova apoteke i oslika.

Okupljenima je riječi zahvale uputio provincijal Hrvatske franjevačke provincije sv. Ćirila i Metoda fra Ilija Vrdoljak. Zahvalio je Ministarstvu kulture koje je financijski, uz Provinciju i braću samostana Varaždina, potpomagalo ovaj projekt, kao i onima koji su bili najneposredniji izvršitelji toga veliko pothvata i djela, franjevcima koji su tu djelovali, svim dosadašnjim gvardijanima kao i sadašnjem fra Ivanu Mikleniću koji se trudio da zajedno kroz međusobnu otvorenost i suradnju dođu do ovog rezultata.

Uslijedilo je euharistijsko slavlje koje je predvodio varaždinski biskup Josip Mrzljak tijekom kojega je blagoslovio svetohranište obnovljenog glavnog oltara.
U homiliji istaknuo je da „mi baštinu čuvamo, poštujemo i gledamo očima vjere“. Poštujemo one koji su gradili crkve i oltare, koji se zasigurno temelje i na vjeri tih umjetnika te su oni ostavili trag vjere koji mi baštinimo. On nam sigurno pomaže da i mi očima vjere možemo promatrati i našu sadašnjost, ali da upravo u tom svjetlu vjere možemo biti okrenuti prema budućnosti, rekao je biskup.