Nakon što je Senat 23. siječnja dao zeleno svjetlo za ugovor sa Svetom Stolicom, u četvrtak je ugovor potvrdio i zastupnički dom parlamenta. Kako bi stupio na snagu, ugovor mora potpisati predsjednik države Petr Pavel. Skupina senatora najavila je da će prije predsjednikova potpisa zatražiti očitovanje ustavnog suda. Za njih su sporne odredbe koje se odnose na ispovjednu tajnu, a Pavel je poručio kako će se on očitovati tek kad bude jasno hoće li se senatori doista obratiti ustavnom sudu.

Češka biskupska konferencija izrazila je zadovoljstvo odlukom parlamenta. Biskupi načelno pozdravljaju i moguće uključivanje ustavnog suda, jer očekuju da će njegova odluka učinkovito raspršiti sumnje u ispravnost ugovora.
U glasovanju u zastupničkom domu sudjelovalo je 152 od ukupno 200 zastupnika. Njih 92 glasovalo je za ugovor, 9 ih je bilo protiv a 51 je bilo suzdržano. Među onima koji su podržali ugovor nalaze se zastupnici iz svih sedam klubova zastupnika, a za ugovor su glasovali svi zastupnici vladajuće koalicije. Ugovor je podržalo i oko polovice zastupnika najveće oporbene stranke ANO, koja u parlamentu ima 71 člana.
Ugovor u 16 članaka utvrđuje pravni status i područja djelovanja Katoličke Crkve u Češkoj, koja dosad jedina od bivših komunističkih zemalja nije imala važeći ugovor o odnosima između države i Crkve. Ugovor su krajem listopada u Pragu potpisali predsjednik češke vlade Petr Fiala i kardinal državni tajnik Svete Stolice Pietro Parolin. Vatikan je tada poručio da je cilj ugovora jamčiti slobodu vjeroispovijesti i slobodu Crkve u vršenju njezina poslanja.

Ugovorom se priznaje pravo Crkve da osniva obrazovne i dobrotvorne ustanove, a njime se pruža i okvir za dušobrižništvo u zatvorima, socijalnim ustanovama, bolnicama, kao i u policiji i oružanim snagama. Nadalje, sklapanje braka u Crkvi imat će iste pravne posljedice kao i civilno vjenčanje. Ugovor ne sadrži odredbe o vlasničkim odnosima između Crkve i države, što je proteklih desetljeća u Češkoj često bilo predmet rasprave.

Rasprave su izazvale odredbe ugovora kojima se štiti ispovjedna tajna. Češki ministar pravosuđa Pavel Blažek izjavio je da odgovarajuće odredbe neće pogoršati položaj žrtava zlostavljanja, žrtve zlostavljanja smatraju da se time olakšava prikrivanje zlostavljanja. Budući se u ugovoru koristi izraz „svećenik“, a ne „dušobrižnik“, kritičari strahuju da se odnos povjerenja može primjenjivati i na širi krug osoba osim svećenika.

Češka biskupska konferencija odbacila je te kritike. Biskupi „jamče javnosti da povjerenje nije prilika za institucionalno prikrivanje zločina, kako neki tvrde“.  Biskupi su već ranije izrazili žaljenje jer se „ograničavanje na jedno jedino pitanje“, u obliku kritike poštivanja ispovjedne tajne, gura u drugi plan„usmjerenje na čovjeka i njegova vjerska prava i slobode“ kao „ključnu dimenziju“ ugovora o odnosima Crkve i države.
Kad je riječ o kritikama na račun Crkve glede ranijeg odnosa prema žrtvama zlostavljanja, Češka biskupska konferencija poručila je kako je svjesna da reakcija Crkve „nije uvijek odgovarala visokim prohtjevima koje je pred nju s pravom postavljalo društvo“.
Češki su biskupi naglasili da zlostavljanje mora biti kažnjeno i da je suradnja s državnim tijelima u tom pogledu „neizbježna“. Istodobno smatraju „nepravednim, da se ta pitanja dovode u vezu s ispovjednom tajnom“. To nije „privilegija Crkve ili ispovjednika“ i tiče se samo „vršenja ispovjedne tajne“ koja štiti „onoga koji se ispovijeda, ali ne i svećenika“, poručili su biskupi.