Primarna znanstvena djelatnost doc. dr. Begonje vezana je uz problematiku hrvatske povijesti 20. stoljeća. Posebno se bavi razdobljem nakon Drugoga svjetskoga rata, o čemu je objavio više radova, od kojih su neki tematizirali i historiografski slabije istražene teme, kao što su komunistički poratni zločini u zadarskim i dalmatinskim krajevima.

O stvaranju mitova i igrama sa sudbinama ubijenih u ratu i poraću dr. Begonja je kazao: »Mitovi su hrana pojedinaca iz političke nomenklature, koji u 21. stoljeću u Hrvatskoj, koristeći se najprizemnijim postupkom licitiranja žrtvama, zapravo postaju počinitelji ozbiljnoga verbalnoga zločina. Uvećavanje ili pak umanjenje stradanja brojnih vojnika i civila, kao i pokušaji opravdanja pojedinih zločina u ratu i poraću, besmislica su koja prokazuje karakter i dostignute razine sposobnosti umnoga angažmana promicatelja takvih inicijativa. Zamislimo moralnu i ljudsku dimenziju onih koji bacaju maglu na žrtve, bez obzira s koje strane dolazile, samo zato da bi na taj način opravdali i održali svoje političke domete i ideološke zablude«.

U razgovoru se dotaknuo i neravnomjernog položaja povjesničara u javnosti: »Pojedini povjesničari reagiraju, ali oni su, da se slikovito izrazim, stavljeni u ladicu medijske šutnje. Da bi se stvorili potrebni preduvjeti slobodnoga istupanja i otvorili prostori u javnosti, nužno je odbaciti pristupe povijesnoj problematici s ideoloških polazišnih osnova. Nedopuštanje argumentiranja drugačijih pogleda, uz besprizorne etikete poput one zagovaratelja fašizma, ozbiljne su zaprjeke u ostvarenju slobodnoga znanstvenoga istraživačkoga rada. To naposljetku ometa prodor povijesne istine«.

»Postojeće dostupno gradivo može poslužiti za mijenjanje prevladavajućih tumačenja, ali svako objavljivanje istraživačkih rezultata koje ne odgovara službenomu stajalištu o zadanim pitanjima ostaje zaogrnuto medijskom šutnjom. Problem je i to što se još velik dio arhivskoga materijala nalazi u Srbiji pa nije u očekivanoj mjeri dostupan istraživačima. Zašto se to tolerira, odnosno nedovoljno službeno zahtijeva da se vrati u Hrvatsku, to je drugo pitanje«, upozorio je dr. Begonja.

»Katolička je Crkva i danas jedna od rijetkih brana prodoru i promicanju ideologije koja se okomila na obitelj te na tradicijske, duhovne, kulturne i identitetske vrijednosti hrvatskoga naroda. U tom smislu, kako u jugoslavenskom totalitarnom komunističkom režimu tako dijelom i danas u demokratskoj Hrvatskoj, Crkvu se smatra ključnom smetnjom silnicama koje žele uništiti spomenute vrijednosti«, naglasio je dr. Begonja.