U Zagrebu je filozofsko-teološko obrazovanje pokrenuo zagrebački biskup Stjepan II. Babonić u 13. stoljeću.

Stoljeće kasnije Babonićev nasljednik Augustin Kažotić reformira katedralnu školu.

Biskup Juraj Drašković osnovao je poslijetridentsko sjemenište.

Isusovački kolegij na Gradecu 1633. godine uz financijsku pomoć zagrebačkog biskupa Franje Ergeljskog uveo je dvogodišnji studij “slučajeva savjesti” – kazuistike – a zalaganjem velikog prepošta Zagrebačkog kaptola Nikole Dijaneševića 1662. godine osnovan je filozofski tečaj.

Rektor Kolegija Družbe Isusove Filip Kaušić pisao je caru Leopoldu I. koji mu je 23. rujna 1669. godine pozitivno otpisao posebnom poveljom, car je Akademiju upisao u generalne studije zemalja habsburške krune s pripadajućim sveučilišnim pravima i povlasticama. Carsku povelju je 3. studenog 1671. ratificirao Hrvatski sabor, stoga se upravo taj datum uzima kao dan zagrebačkog Sveučilišta.

Do promjene u upravi Akademije dolazi ukidanjem isusovačkog reda 1773. kada je došla pod nadzor zagrebačkog biskupa Josipa Galjufa, no to je trajalo svega tri godine.

Već 1776. godine carica Marija Terezija provodi reorganizaciju obrazovnog sustava te je osnovala državnim vlastima podređenu Kraljevsku akademiju znanosti. Akademija je u početku imala tri odjela koja su nazivana fakultetima: Filozofski, Teološki i Pravni.

Godine 1784. u skladu s jozefinističkim reformama car Josip II. isključio je Bogoslovni fakultet iz Akademije nakon čega je prvotno djelovao unutar središnjeg sjemeništa u Pešti, a potom nakon 1790. kada je Leopold II. ukinuo generalna sjemeništa i priznao pravo biskupima da osnuju vlastita, unutar zagrebačkog sjemeništa na Kaptolu.

Dio školske reforme iz 1850. godine predmnijevao je odvajanje Filozofskog fakulteta od Akademije i njegovo priključivanje gimnaziji, što je ponukalo zagrebačkog nadbiskupa Jurja Haulika da uvede u sjemenište dvogodišnji filozofski tečaj.

Nadbiskupski licej Zakonskim člankom ob utemeljenju sveučilišta u glavnom gradu Zagrebu, koji je donio Sabor Trojedne kraljevine na sjednici održanoj 11. ožujka 1869., preustrojen je u fakultet Teologije.

Zasluge za osnutak modernog Sveučilišta u Zagrebu u velikoj mjeri valja pripisati biskupu Josipu Jurju Strossmayeru. Premda se o osnutku Sveučilišta u Zagrebu raspravljalo u Hrvatskom saboru još 40-tih godina 19. stoljeća u duhu Narodnog preporoda, upravo se posebnim zaslugama biskupa Strossmayera ovo pitanje ponovno pokreće u sabornici 1861. godine. Također, Strossmayer je 5. travnja 1861. dao svoju plaću velikog župana virovitičkog od 7 000 forinti uz prilog od 50 000 forinti u zakladu Sveučilištu u Zagrebu, odnosno za osnutak Sveučilišta te je predložio imenovanje odbora za izradu zakonske osnove i pravila Sveučilišta.

Osam godina kasnije Strossmayerova su pregnuća donijela željeni rezultat, te je konačno 11. ožujka 1869. godine na inicijativu Pravoslovne akademije, a uoči kraljeva posjeta Trojednoj kraljevini, izglasan zakonski članak o utemeljenju Sveučilišta u Zagrebu. Kralj ga je potvrdio 8. travnja iste godine.

Dana 5. siječnja 1874. godine konačno je zaživjelo moderno Sveučilište u Zagrebu sa četiri fakulteta – Bogoslovni (teološki), Mudroslovni (filozofski), Pravoslovni-državoslovni (pravni) i Liječnički (medicinski koji je de facto osnovan i zaživio tek u prosincu 1917. godine). Time se Bogoslovni fakultet našao kao matični unutar zagrebačkog Sveučilišta, a u početku je imao osam katedri.

Do promjene u nastavnom planu Fakulteta dolazi 1935. godine kada je reorganiziran u skladu s apostolskom konstitucijom Deus scientiarum Dominus. Novi Ratio studiorum prihvaćen je od Kongregacije za sjemeništa i sveučilišta čime je Fakultet izjednačen sa svim crkvenim sveučilištima priznatim od Svete Stolice.

Fakultet je djelovao kao sastavnica zagrebačkog Sveučilišta sve do 1952. godine kada je, unatoč doprinosu akademskoj zajednici, isključen sa Sveučilišta. Godine 1952. doneseno je Rješenje vlade NR Hrvatske kojim je na preporuku Savjeta za prosvjetu, nauku i kulturu NR Hrvatske 29. siječnja 1952. određeno da učenici do svoje 15. godine mogu polaziti samo državne škole, a Fakultet je izdvojen iz sastava zagrebačkog Sveučilišta. Fakultet je de facto, ali ne i de iure prestao biti dijelom Sveučilišta u Zagrebu jer Senat Sveučilišta nije donio odluku o isključenju Fakulteta iz sastava Sveučilišta.

Unatoč navedenim okolnostima Fakultet nastavlja svoju djelatnost kao crkvena visokoškolska ustanova kanonski utemeljena po Svetoj Stolici. Tijekom razdoblja isključenja Fakultet je nastavio aktivno djelovati, a što je razvidno iz četiri novoosnovana znanstveno-nastavna instituta u razdoblju od 1961. do 1985.: Katehetski institut (1961.); Institut za crkvenu glazbu “Albe Vidaković” (1963.); Institut za teološku kulturu laika (1968.); Institut za kršćansku duhovnost (1984.). Osnovana su također četiri znanstveno-istraživačka instituta: Hrvatski mariološki institut (1974.); Institut za crkvenu povijest (1975.); Biblijski institut (1978.); Institut za ekumensku teologiju i dijalog “Juraj Križanić” (1986.). Uz to valja istaknuti kako su i brojna druga visoka teološka učilišta na hrvatskome govornom području bila usko vezana uz Fakultet dok se neka nisu osamostalila. Radi se o Teologiji u Splitu, Franjevačkoj teologiji u Makarskoj, Teologiji u Rijeci, Teologiji u Đakovu, Vrhbosanskoj katoličkoj teologiji u Sarajevu i Franjevačkoj teologiji u Sarajevu.

Nakon gotovo četiri desetljeća djelovanja Katoličkoga bogoslovnog fakulteta izvan Sveučilišta, demokratske promjene 1990. godine rezultirale su između ostalog i povratkom Fakulteta u okrilje Sveučilišta. Radi se o Rješenju o proglašenju ništavnim Rješenjem Vlade NR Hrvatske o ukidanju Rkt. bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu br. 1268 od 29. siječnja 1952. godine koje je donijelo Izvršno vijeće Sabora Socijalističke Republike Hrvatske na sjednici održanoj 23. srpnja 1990. godine. Potom Skupština Sveučilišta u Zagrebu, na osnovu gore navedenog Rješenja, donosi Odluku da je Fakultet neprekinuto dio Sveučilišta od njegova osnutka. Prvi potpisani Nacrt Ugovara Fakulteta sa Sveučilištem nastao je krajem 1991. godine, a 1996. godine je konačno potpisan, uz odobrenje Svete Stolice, Ugovor o položaju i djelovanju Katoličkoga bogoslovnog fakulteta u sastavu Sveučilišta u Zagrebu kojim je Fakultet ponovno priznat punopravnim dijelom zagrebačkog Sveučilišta kao akademska, crkvena i svjetovna ustanova.