Fr. Franjo Šanjek rodio se 1. travnja 1939. u Poljani Biškupečkoj kod Varaždina. Prve zavjete u Redu propovjednika položio je 17. kolovoza 1958., a svečane 27. rujna 1963. Nakon studija na Visokoj dominikanskoj bogoslovnoj školi u Dubrovniku i na Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu, 1965. ga je za svećenika zaredio zagrebački nadbiskup kardinal Franjo Šeper.

Od 1965. do 1968. usavršavao je pomoćne povijesne znanosti u Vatikanu, a od 1968. do 1971. studirao je povijest na pariškom sveučilištu Sorbonne, gdje je 1971. doktorirao. Godine 1970. postao je asistent na Katedri crkvene povijesti na Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu, gdje je od 1971. predavao opću i povijesnu metodologiju, pomoćne povijesne znanosti i srednjovjekovnu povijest Crkve u Hrvata (od 1974. kao docent, od 1993. kao izvanredni i od 1998. kao redoviti profesor). Od 1984. bio je pročelnik Katedre crkvene povijesti i predstojnik Instituta za crkvenu povijest, a od 1994. do 1997. dekan Katoličkoga bogoslovnog fakulteta. Od 1978. bio je urednik časopisa Croatica christiana periodica. Bio je i profesor srednjovjekovne povijesti i pomoćnih povijesnih znanosti na Hrvatskim studijima (od 1994.), predavač na poslijediplomskom znanstvenom studiju iz sociologije (1996.) i pedagogije (1998.) Filozofskog fakulteta u Zagrebu, a od 1992. do 1999. bio je i predsjednik Hrvatskog nacionalnog odbora za povijesne znanosti.

Za redovitog člana HAZU izabran je 1997., a od 2015. do 2018. bio je i tajnik Razreda za društvene znanosti. Od 2016. bio je voditelj Zavoda za znanstveni i umjetnički rad HAZU u Đakovu, a od 2008. do 2016. Zavoda za povijesne znanosti u Zadru. Akademik Franjo Šanjek bio je jedini svećenik među redovitim članovima HAZU.

Kao gost predavač djelovao je na sveučilištima u Fribourgu (Švicarska, 1986. i 2008.), Ottawi (Kanada, 1987.) i Parizu (Sorbonne, 2007.). Sudionik je brojnih znanstvenih skupova u domovini i inozemstvu, suradnik enciklopedijskih i leksičkih edicija u Hrvatskoj, Francuskoj, Belgiji, Njemačkoj i Poljskoj. Godine 1996. odlikovan je Redom Danice Hrvatske s likom Marka Marulića, a 2004. primio je godišnju državnu nagradu za značajno znanstveno dostignuće na području humanističkih znanosti.

U znanstvenom radu najviše se bavio crkvenom poviješću Hrvatske u europskom kontekstu, posebno heretičkim pokretima bosanskih krstjana, katara i bogumila, ulogom hrvatskih intelektualaca u razvoju srednjovjekovne europske kršćanske teološke, povijesne i filozofske misli, izdavanjem srednjovjekovnih izvora, te ulogom Crkve u povijesnim zbivanjima u Hrvatskoj u 19. i 20. st. Važniji radovi su mu Bosansko-humski krstjani i katarsko-dualistički pokret u srednjem vijeku (1975.), Crkva i kršćanstvo u Hrvata (1988.), Bosansko-humski krstjani u povijesnim vrelima: (13.–15. st.) (2003), Latinska paleografija i diplomatika (2004.), Dominikanci i Hrvati (2008.), a s dr. sc. Brankom Grbavac uredio je Leksikon srednjovjekovlja objavljen 2018., izvijestio je Ured za odnose s javnošću i medije HAZU-a.