Papa emeritus Benedikt XVI. imenovao je prorektora Marina članom Papinskog povjerenstva za sakralnu arheologiju u Vatikanu 2012. godine. Time je prorektor Marin bio prvi hrvatski član uopće tog najvišeg papinskog tijela za arheologiju. Papinsko povjerenstvo, u kojem je prof. dr. sc. Emilio Marin član već u dva mandata, u sastavu je Rimske kurije, a na čelu mu je kardinal Gianfranco Ravasi, predsjednik Papinskog vijeća za kulturu.

Povjerenstvo, odnosno Papinsko povjerenstvo za starokršćansku arheologiju, osnovao je papa Pio IX. (6. siječnja 1852.) “poradi čuvanja starokršćanskih groblja, da se brine o njihovoj zaštiti i konzervaciji te daljnjem istraživanju, o arheološkim iskopavanjima, znanstvenom proučavanju, da bi se i na taj način čuvali najstariji spomeni prvih kršćanskih stoljeća, veličanstveni spomenici, časne bazilike, u Rimu i njegovoj okolici u cjelini, ali i u drugim biskupijama, u suglasju s nadležnim biskupima”.

Papa Pio XI. povjerenstvo je proglasio papinskim u  prosincu 1925., kada su mu proširene ovlasti, dok su joj Lateranskim ugovorima i revizijom konkordata 1984., priznate ovlasti za katakombe u cijeloj Italiji. Specifično je i najizrazitije djelovanje tog Papinskog povjerenstva u svezi s rimskim katakombama, u cijelosti upravlja svim radnjama na tim glasovitim kršćanskim spomenicima, koje posjećuje, osobito one najpoznatije, primjerice Sv. Kalista, vrlo veliki broj hodočasnika i turista.