Amato je rođen 8. lipnja 1938. u obitelji brodograditelja u Molfetti (pokrajina Bari) i isprva je studirao na Nautičkom institutu, ali je na početku treće godine studija odlučio pristupiti Salezijanskom redu. Godine 1956. položio je prve redovničke zavjete, a za svećenika je zaređen 1967. godine.

Doktorirao je teologiju na Papinskom sveučilištu Gregoriana 1974. i odmah je imenovan predavačem. Bio je i stipendist Carigradske patrijaršije u Solunu. U Rimu je predavao kristologiju na Teološkom fakultetu Papinskog salezijanskog sveučilišta, čiji je dekan bio od 1981. do 1987. i od 1994. do 1999. godine. Od 1997. do 2000. bio je i prorektor tog sveučilišta.

Nakon studija u Washingtonu imenovan je savjetnikom Kongregacije za nauk vjere, Papinskih vijeća za promicanje jedinstva kršćana i međureligijskog dijaloga te članom Papinske međunarodne marijanske akademije. Godine 1999. imenovan je tajnikom novoustrojene Papinske teološke akademije i urednikom novoutemeljenog teološkog časopisa „Path“.

Amato je 19. prosinca 2002. imenovan tajnikom Kongregacije za nauk vjere te je po rukama pape Ivana Pavla II. za biskupa zaređen 6. siječnja 2003. u bazilici sv. Petra.

Prefekt Kongregacije za kauze blaženika i svetaca postao je 9. srpnja 2008. kada ga je u službu postavio Benedikt XVI.. Na konzistoriju 20. studenog 2010. kreiran je kardinalom te mu je dodijeljena naslovna crkva Svete Maje u Aquiru.

Sudjelovao je na konklavama u ožujku 2013. na kojima je izabran papa Franjo. Papa Franjo ga je 19. prosinca 2013. potvrdio „donec aliter provideatur“ za prefekta Kongregacije za kauze svetaca, s te dužnosti ponudio je odreknuće 2018. malo prije 80. rođendana.

Tiskovni ured Svete Stolice obavijestio je da će se kardinalov ispraćaj održati u četvrtak, 2. siječnja u 14 sati u bazilici svetog Petra. Liturgiju će predvoditi dekan Kardinalskoga zbora kardinal Giovanni Battista Re. Na kraju mise papa Franjo će predvoditi molitvu preporuke i posljednji pozdrav (Ultima Commendatio i Valedictio).