Kardinal Khoarai rođen je 11. rujna 1929. u Koalingu u biskupiji Leribe, u tadašnjoj britanskoj koloniji Basutolandu. Kršten je s 11 godina. Filozofiju i teologiju završio je u bogoslovnom sjemeništu u Romi u nadbiskupiji Maseru koji je tada bio glavni grad kraljevine.

Pridružio se kongregaciji Oblati Marije Bezgrješne, a za svećenika je zaređen 5. siječnja 1950. Nakon nekoliko službi na župama i u sjemeništima, kao mlad svećenik imenovan je prvim ravnateljem Papinskih misijskih djela u Lesotu.

Sv. Pavao VI. 10. studenoga 1977. imenovao ga je prvim biskupom nove biskupije Mohale’s Hoek, te je sljedeće godine zaređen za biskupa. Pod njegovim vodstvom broj krštenja porastao je za 20 %, a svećeničkih kandidata bilo je toliko da nisu svi mogli stati u bogoslovno sjemenište.

Biskup Khoarai bio je predsjednik Lesotske biskupske konferencije 1982. – 1987. Zahvaljujući njemu i ostalim biskupima Crkva je postala predvodnica obrazovanja djece u toj afričkoj zemlji od 2 milijuna stanovnika.

Iako je po navršenju kanonske dobi za umirovljenje ponudio papi Franji odreknuće od službe, upravljao je biskupijom kao apostolski upravitelj do 11. veljače 2014. kada je bio u 85. godini života. Tada ga je naslijedio mons. John Joale Tlhomola.

Papa Franjo je biskupa Khoaraija 19. studenoga 2016. imenovao kardinalom. Međutim, zbog zdravstvenog stanja kardinal nije mogao prisustvovati konzistoriju i primiti oznake kardinalske časti iz Papinih ruku.

Sveti Otac poslao je biskupu Tlhomoli sažalnicu u kojoj je poručio da će mu se pridružiti u molitvi da Bog „kardinala nagradi za njegov neumoran trud i primi njegovu plemenitu dušu u radost njegovoga vječnog kraljevstva“. „Svima koji oplakuju odlazak pokojnog kardinala u čvrstoj nadi u uskrsnuće, srdačno udjeljujem svoj apostolski blagoslov kao zalog utjehe i mira u Isusu Kristu, našem Spasitelju“, dodao je papa Franjo.

Nakon smrti kardinala Sebastiana Kota Khoaraija kardinalski zbor ima 224 kardinala, od kojih 126 mlađih od 80 godina, tj. s pravom glasa na konklavi, objavio je Vatican News.