Vanjske i unutarnje fasade Zavoda, od izgradnje Zavoda 1939. do danas, nisu nikada bile u potpunosti čišćene ni obnavljane, osim nekih djelomičnih intervencija i popravaka. Već nekoliko godina postojala je potreba za provjerom i sanacijom mramornoga vijenca od kamena travertina koji na njezinom vrhu okružuje cijelu zgradu Zavoda, a koji je na nekim mjestima popucao te je postojala opasnost od otpadanja materijala i ozljeđivanja prolaznika. Zavodske terase je isto tako bilo potrebno temeljito obnoviti. Same vanjske fasade Zavoda, koje su na prizemlju i prvom katu obložene kamenom travertinom, a ostali katovi izgrađeni su od cigle, kao i središnji prolaz ispod zgrade koji od ulica Tomacelli vodi prema Trgu i Mauzoleju cara Augusta, bili su puni smoga i prljavštine te se osjećala potreba za njihovim čišćenjem kako bi se spriječilo daljnje propadanje.

Budući da je zgrada pod zaštitom kao spomenik kulture, Uprava Zavoda ishodila je potrebne dozvole od Ministarstva kulture Republike Italije – Soprintendenza (konzervatori) i Grada Rima te su u lipnju 2020. započeti radovi na obnovi. Radove je izvela tvrtka Sacen iz Napulja koja je specijalizirana za obnove kulturnih spomenika. Ista tvrtka izvodila je radove i na obnovi crkve sv. Jeronima. Projektant i direktor radova bio je arhitekt i inženjer Aymen Herzalla iz Studija Croci, renomiranog talijanskog arhitektonskog i inženjerskog ureda.

Najopsežniji dio radova sastojao se od čišćenja vanjskih fasada i pročelja Zavoda. Fasade su očišćene posebnom tehnikom pjeskarenja (JOS metoda). Osim toga, učvršćene su ploče od travertina kojima su obložene vanjske fasade Zavoda od prizemlja do prvog kata te prolaz ispod Zavoda, od ulice Tomacelli prema Trgu cara Augusta. Posebno je učvršćen i saniran travertinski vijenac koji se nalazi pri vrhu zavodske zgrade i koji na tri razine okružuje cijelu zgradu. Obnovljene su gotovo sve zavodske terase, na njima je postavljena nova hidroizolacija te su stare dotrajale pločice zamijenjene novima, identičnima po obliku.

Restaurirana su i dva reljefa Ivana Meštrovića (Sv. Jeronim i Papa Siksto V.) koji se nalaze na ulazu u Zavod te tri velika mozaika Joze Kljakovića na sjevernom pročelju Zavoda. U potpunosti su zamijenjeni i veliki željezni prozori na južnom pročelju na 5. katu Zavoda.

Današnja zgrada sjedište Zavoda izgrađena je 1939. godine nakon što je Zavod bio primoran napustiti i srušiti zgradu u kojoj je dotada imao svoje sjedište. Naime, 1931. Grad Rim je najavio temeljito preuređenje gradske četvrti oko Augustova Mauzoleja koji se nalazi u neposrednoj blizini Zavoda kako bi se tom starom antičkom spomeniku vratio prvotni sjaj. Iduće godine odobren je regulatorni plan, a u prosincu 1933. godine stanovnici kuća u neposrednoj blizini Mauzoleja morali su napustiti svoje domove. Prema tom planu Zavod je trebao ostati bez svoje višestoljetne imovine koju je baštinio od prijašnjih ustanova sv. Jeronima (Bratovštine i Kaptola). Uz velike svečanosti, 20. listopada 1934. godine sam je predsjednik Vlade osobno započeo radove rušenja.

Uprava Zavoda na čelu s rektorom Jurjom Magjercem našla se u jako teškoj situaciji, primorana napustiti prostor uz crkvu sv. Jeronima na kojem je boravila gotovo punih 500 godina. No, zahvaljujući upravo rektoru Magjercu uspjelo se, uz velike materijalne žrtve, postići dogovor s Gradom Rimom te je Zavod dobio dozvolu za gradnju nove zgrade uz samu crkvu, s njezine istočne strane u ulici Tomacelli gdje do tada Zavod nije imao svojega vlasništva.

Zgrada je rađena po projektima arhitekta Victora Morpurga, gradskoga i Vladinog arhitekta koji je projektirao i druge građevine na prostoru budućeg Trga cara Augusta. Radovi su započeli 1937. godine injektiranjem 375 betonsko-armiranih stupova na kojima počiva cijela zgrada. U ožujku 1938. započeli su radovi na izgradnji same zgrade. Na blagdan Uzašašća Gospodinova 26. svibnja 1938. rektor Magjerec blagoslovio je kamen temeljac nove zgrade čija je gradnja dovršena početkom listopada 1939. godine kada je počelo seljenje Zavoda u novu kuću. Svečani blagoslov i inauguracija nove zgrade sjedišta Zavoda održana je 12. studenoga 1939. u prisustvu gotovo cijelog hrvatskog episkopata, predvođenog zagrebačkim nadbiskupom Alojzijem Stepincem.

Zgrada je potom ukrašena i djelima hrvatskih umjetnika: Ivana Meštrovića i Joze Kljakovića. U središnjem prolazu pokraj ulaznih vrata u Zavod nalaze se dva velika reljefa Ivana Meštrovića: Sv. Jeronim i papa Siksto V., a na sjevernom pročelju Zavoda nalaze se tri velika mozaika Joze Kljakovića: Pokrštavanje Hrvata, Krist knez mira i Krunjenje hrvatskoga kralja Dmitra Zvonimira.