Crkva je sagrađena 1937. godine, razrušena granatiranjem krajem II. svjetskog rata pri protjerivanju i stradanjima stanovnika Krndije i blagoslovljena  nakon njezine obnove 2. svibnja 2003. godine. Slavlje je predvodio punitovački župnik dr. sc. Đurica Pardon, u sudjelovanju pedesetak vjernika. Uz nekoliko mještana Krndije okupili su se župljani Punitovaca i filijala Josipovca i Jurjevca Punitovačkog, kao i pripadnici Njemačke zajednice, Zemaljske udruge Podunavskih Švaba, ogranak Đakovo.

„Ni graditelji ove crkve Uzvišenja sv. Križa nisu ni slutili da će i ona, kao i Sin Božji proći trnovit put, da će nakon samo nekoliko godina od kako su u njoj slavili Gospodina koji je po Križu uzašao na nebo i uskrsnuo i oni doživjeti patnje i stradanja, protjerivanja i zatvaranja u radni logor Krndija i u druge logore. Nosili su stanovnici ovog nekada jednog od najvećih mjesta Đakovštine i šire okoline svoj križ baš kao i sv. Filip i Jakov, sveci koji su umrli mučeničkom smrću. U sjećanju na patnje i muku Nijemaca i križ pod kojim su oni i ova crkva stradali, u sjećanje i na sve one koji su umrli herojskom smrću braneći našu Domovinu u našoj novoj povijesti, u sjećanju na patnje i muku Isusovu koji je na križu umro i po kojemu je uskrsnuo, molimo da ustrajemo u pravednosti i ne zamremo u svojoj vjeri i ljubavi prema bližnjemu i Gospodinu“, rekao je među ostalim župnik u homiliji.

Nakon misnog slavlja, u povodu 20. obljetnice postojanja đakovačkog ogranka Njemačke zajednice, predsjednik Ogranka Vili Haas uručio je župniku Pardonu zahvalnicu za dugogodišnju uspješnu suradnju. Predsjednik je zahvalio u ime članova đakovačkog ogranka, kao i cijele Njemačke zajednice, za brigu i skrb vezanu za bivše i sadašnje stanovnike švapskog sela Krndija, kao i za krndijsko groblje za koje se na primjeren način brinu.