Crkva je izgrađena u 12. stoljeću na mjestu prethodne romaničke bazilike, koja zbog oštećenja više nije bila upotrebljiva. Kamen temeljac postavljen je 15. veljače 1761. Radove je vodio arhitekt Dongetti iz Pirana. Crkvu je posvetio porečki i pulski biskup Antonio Peteani, o čemu je prikazan i povijesni dokument. Osim toga, župnik je predočio povijesni prijepis dokumenta kojim venecijanski dužd Franciscus Lauredanus dozvoljava izgradnju crkve, koju su gradile zajedno crkvene i svjetovne vlasti, a predočeno je i duždevo dopuštenje da sve mjesne bratovštine svoju ušteđevinu ulože u gradnju crkve.

Prema povijesnim zapisima, istaknuo je župnik, žitelji Vodnjana, na čelu s gradskim vlastima, su na mnoge načine, i kroz dugi niz godina, odvajali sredstva za izgradnju crkve, a stanovnici toga tada ovećega grada su uvelike i radom pomagali u radovima.  Crkva je građena po uzoru na crkvu sv. Petra u Kaštelu u Veneciji, čime je Vodnjan posebno pokazao svoju privrženost Veneciji, naglasio je župnik.

Kamen temeljac za zvonik postavljen je 1815. a posvema je dovršen 1883. godine. S obzirom da je netom nakon stavljanja pod krov, za francuske okupacije crkva bila profanirana, posveta je bila moguća tek 4. rujna 1831. Župnik je nadodao da se ove godine ujedno obilježava i 809. rođendan župe u tome sjedištu. “Te važne obljetnice slavimo odajući počast ljudima koji su je izgradili”, zaključio je.

Središnju euharistiju na svetkovinu, u srijedu 3. veljače, predslavit će umirovljeni porečki i pulski biskup Ivan Milovan. U prigodi proslave obljetnica Župa je nabavila novi relikvijar za kost podlaktice svetog Blaža. Šezdeset centimetara viskom relikvijar je ručni rad mletačke radionice Alda Levaka.

Relikvijar s moćima sv. Blaža koji se čuva u crkvi u Vodnjanu