Iako se nalazi u samom središtu grada, unutar gradskih zidina, crkva je skrivena između privatnih i javnih građevina, a zbog niza okolnosti tijekom proteklih desetljeća bila je i potpuno izolirana, zapuštena i zaboravljena.

Misu u obnovljenoj crkvi predvodio je 3. prosinca hvarski biskup Ranko Vidović. Koncelebrirali su hvarski župnik don Toni Plenković, kancelar Hvarske biskupije don Ivan Jurin, gvardijan hvarskog franjevačkog samostana fra Joakim Gregov i o. Ante Kazoti, starješina dominikanskog samostana u Starom Gradu.

U propovijedi je biskup Vidović naglasio kako postoje dvije crkve – živa zajednica vjernika i mjesto molitve. Apostolski prvaci Petar i Pavao su opisivali crkvu kao živu građevinu sagrađenu od pojedinaca koji svojim životom i nastojanjem čine kvalitetan građevni materijal te kao mistično tijelo Kristovo povezano milosnom cirkulacijom koja posebno dopire do bolesnih, slabih i nemoćnih udova. Životi titulara ove hvarske crkve, Kuzme i Damjana, svjedoče o bezuvjetnom pomaganju drugima, te su na taj način u svoje vrijeme kršćanstvu privukli brojne nevjernike. Biskup je citirao riječi umirovljenog pape Benedikta XVI., kazavši da je često Crkva poput lađe koja pušta na sve strane i ne smijemo dozvoliti da štetni utjecaji naruše i rastoče živo tkivo okupljeno u Kristu.

Liturgijsko pjevanje predvodili su članovi župnog zbora sv. Cecilije, uz glazbenu pratnju maestra Tomija Domančića.

Na kraju je hvarski župnik don Toni Plenković zahvalio svima koji su na razne načine doprinijeli obnovi crkve sv. Kuzme i Damjana. Posebno je zahvalio pokojnom Jošku Kovačiću, neprežaljenom i zaslužnom hvarskom čuvaru baštine, neumornom istraživaču i marljivom povjesničaru, čija je velika želja, kao i nastojanje, bila upravo obnova te crkve. Nakon misnog slavlja sudionici su se zadržali u obližnjem prostoru Orlane na prigodnom druženju i zakuski.

Svečanost blagoslova crkve započela je dan prije, u petak 2. prosinca, pjevanjem svečane Večernje u crkvi, u kojoj su sudjelovali hvarski pučki pjevači i pjevači iz župe sv. Kuzme i Damjana u Velom Grablju. Nakon Večernje molitve predavanje o povijesti crkve održao je prof. Joško Bracanović.

Kako je naglasio povjesničar Joško Bracanović, izvorno je riječ o adaptaciji dvije romaničke kuće u sakralni prostor, što se dogodilo tridesetih godina 15. stoljeća. Povod takvoj očito hitnoj intervenciji bile su snažne epidemije kuge koje su u tom razdoblju poharale susjedni otok Brač, a vjerojatno su stigle i do otoka Hvara, iako o tome za sada nisu pronađena povijesna vrela. Crkva je, kao većina drugih objekta u Hvaru, pretrpjela štetu izazvanu turskim napadom 1571. godine, te ju je obnovio hvarski kanonik Alviž Ivanić, unuk Matija Ivanića, predvodnika pučkog ustanka na Hvaru. Današnji izgled crkve je iz Ivanićeva vremena, s oltarnom palom iz 1607. koja se pripisuje mletačkom manirističkom slikaru Antoniu Vassilacchiju zvanom l’Aliense, a prikazuje svetu braću liječnike, bolesnika i donatora Alviža Ivanića s ljubičastom štolom, znakom pokore u vrijeme kužne pošasti. Iz njegova vremena je sačuvan i kasetirani drveni strop u renesansnom stilu.

Od rektora crkve ističu se i primicerij Josip Raffaeli, u dva navrata kaptolski vikar, zapamćen kao vrsni skladatelj; Jakov Boglić, autor prve znanstvene povijesti Hvara i posljednji rektor Ivan Giovannin Kasandrić, suosnivač splitske bogoslovije, koji je u izgradnju iste uložio agrarne obveznice crkve sv. Kuzme i Damjana.

U srpnju 1987. oltarna pala sv. Kuzme i Damjana odnesena je na restauraciju u splitski restauratorski zavod. Dogodine je pala vraćena, ali je postavljena u sakristiju katedrale. Od odlaska pale nije se slavila misa u toj crkvi više od 35 godina.

Obnova crkve je planirana početkom 1990-ih, no odgodila su je ratna zbivanja. Obnovi se konačno pristupilo za vrijeme župnika don Josipa Mihovilovića – 1999. izrađen je arhitektonski snimak crkve, a sljedeće godine skinut je kasetirani svod, koji je nakon restauracije vraćen na svoje mjesto 2004. godine. Demontiran je i restauriran drveni oltar. Preslici zvonika vraćen je dvostrešni izgled iz 19. st., kada je nakon oštećenja obnovljen s polukružnim završetkom. Zbog različitih okolnosti, obnova crkve nije dovršena do prije dvije godine, kad se zalaganjem aktualnog župnika don Tonija Plenkovića pristupilo dovršetku njezine obnove. Građevinske radove obavila je tvrtka Baština, vlasnika Zvone Gudelja, a restauratorske radove predvodio je Giuseppe Sava. Radovi su zaključeni u studenom 2022. godine. Radove je uz župu financiralo Ministarstvo kulture Republike Hrvatske i Grad Hvar, uz podršku i nadzor Konzervatorskog odjela u Splitu.