“Optužnica protiv Stepinca stavljana je u širi kontekst ekspanzije Vatikana na Balkanu”, smatrao je kardinal Šeper koji je blaženog Stepinca dobro poznavao. Naime, upoznali su se u kolovozu 1924. godine u Đakovu, a zatim su iste godine nastavili svoje druženje na Germanikumu u Rimu gdje su šest godina studirali i zatim zajedno bili ređeni za svećenike, na blagdan Krista Kralja 26. listopada 1930. godine. Prvi Hrvat na čelu Kongregacije za nauk vjere smatrao je kako je Bog teškim i dugačkim putem do svećeništva pripremao Alojzija Stepinca na ono što ga je u životu čekalo. Kao njegov osobni tajnik znao je s kojim se poteškoćama nosio mladi nadbiskup Stepinac u Zagrebačkoj nadbiskupiji prije i za vrijeme Drugog svjetskog rata.

“Nadbiskup Stepinac je uveo jedan novi stil biskupske službe – biskup nije feudalni gospodin. Bio je pravi pastir u neposrednom kontaktu i sa svećenicima i s vjernicima”, izrekao je kardinal Šeper predvodeći misu u Hrvatskoj crkvi sv. Jeronima u Rimu na 20. obljetnicu smrti kardinala Stepinca.

Kao tajnik nadbiskupa Stepinca Šeper je pratio montirani proces koji je, kako je isticao, bila najveća Stepinčeva duhovna patnja. U propovijedi tijekom mise na 20. obljetnicu Stepinčeve smrti u Hrvatskoj crkvi u sv. Jeronimu u Rimu 10. veljače 1980. rekao je:

“Neću spominjati sve što je doživljavao od svojih vjernika, kao njegov tajnik sam dosta toga znao, ali među najteže duhovne patnje sigurno spada proces koji je protiv njega vođen. Bilo je to vrijeme kad su u svakoj socijalističkoj zemlji i to gotovo istih godina vođeni procesi protiv barem jednoga od najistaknutijih predstavnika Katoličke Crkve. To kao da je bio dogovor među tim vladama, tako je izgledalo. Tako je nadbiskup Stepinac, koji je toliko ljubio i sav sebe dao za svoj narod, morao podnijetu tu sramotu da je osuđen kao neprijatelj naroda i države. On koji je toliko dobra učinio toliko dobra učinio za svoj narod proglašen je neprijateljem naroda. Možete si misliti kakva je bila njegova patnja, ali on je primio i to poniženje, i s ponosom je nosio taj križ”.

Svjedočeći procesu, kardinal Šeper je rekao kako je tužitelj Jakov Blažević stavljao optužnicu protiv Stepinca u jedan širi kontekst – ekspanzije Vatikana na Balkanu.

“To je bio razlog procesa, ekspanzija Katoličke Crkve na Balkanu. Oni su znali što on znači za Katoličku Crkvu, i to je javni tužilac sam rekao”.

Kardinal Šeper je istinu o Stepincu žestoko branio od Blaževićevih napada i nakon blaženikove smrti. Ukazivao je na novinske napise kojima se nastojalo krivotvoriti povijest prikazivajući nadbiskupa Stepinca kao stranačko-političku ličnost, čak kao režisera uspostave NDH u dogovoru s okupatorima. Stoga je u izjavi 1981. godine naglasio sljedeće: “Mislim da sam kao malo tko imao prilike upoznati njegov karakter, njegov mentalitet, i pratiti izbliza njegov život i rad. Moram priznati da sam ja upoznavao i doživljavao drugačijeg Stepinca nego ga prikazuje g. Blažević. Jest, Stepinac je bio hrvatski rodoljub, on je ljubio svoj narod, identificirao se s njime, jer je to smatrao svojom moralnom obavezom. Ali, on nije nikada bio političar, još manje stranački političar. Ako je nadbiskup Stepinac zauzimao tako oštar stav protiv komunizma, nemojmo zaboraviti da to nije bilo pitanje samo materijalističko-ateističke ideologije, nego je imao pred sobom jedinu konkretnu ostvarenu sliku komunizma, a to je bio Staljinizam kojega već odavno čitav svijet uključujući Sovjetski Savez osuđuje.

Ove teške optužbe protiv nadbiskupa Stepinca, napose tvrdnje o njegovoj političkoj ulozi i navodnom ustaštvu trebalo bi dokumentima dokazati, što dosad nitko nije učinio i nije mogao učiniti jer činjenice govore drugačije.

Kardinal Šeper je, među ostalim, smatrao da je dužnost hrvatskoga naroda da održavamo živom uspomenu na Stepinca. Govoreći o tome u propovijedi tijekom mise u povodu 50. godišnjice misništva kardinala Stepinca u bazilici sv. Marije Velike u Rimu 01.11.1980. naglasio je: “Bilo bi premalo kada bi to za nas bila samo uspomena.

Sjećanje na Stepinca mora nas protresti, mora protresti naše savjesti, da svoje kršćanstvo ozbiljno shvatimo.

Stepinac je neke vrsti izazova za nas, tako da mi kada razmišljamo o njemu, trebamo nešto naučiti i odlučiti u prvom redu što se tiče vjere. On je bio čovjek granitne vjere. Kad se radilo o vjeri tu nije bilo nikakvih popuštanja, niti cjenkanja. Zato nas on potiče i traži od nas da budemo čvrsti u svojoj vjeri, da se ne damo pokolebati od raznih suvremenih razvodnjavanja i iskrivljavanja vjerskih istina. Od njega se moramo naučiti da budemo iskreno odani Papi, njegovu vodstvu i učiteljstvu. U toj je stvari Stepinac bio nepokolebljiv, i onaj koji ne vidi što je za nas Hrvate znači Papa, u povijesti i danas, taj neka se ne smatra pristašom Stepinca”.