Ustroj Hrvatske biskupske konferencije predstavio im je generalni tajnik HBK hvarski biskup Petar Palić. Hrvatska biskupska konferencija obuhvaća teritorijalno područje Hrvatske. Dvije biskupije izvan Hrvatske pripadaju hrvatskim metropolijama. To su Kotorska biskupija u Crnoj Gori koja pripada Splitskom metropoliji i Srijemska biskupija u Srbiji koja pripada Đakovačko-osječkoj metropoliji. U Hrvatskoj je 17 biskupija, 15 redovitih biskupija, Vojni ordinarijat i grkokatolička Križevačka eparhija.

Hrvatska biskupska konferencija podijeljena je na metropolije: Zagrebačku, Đakovačko-osječku, Riječku i Splitsku, a Zadarska nadbiskupija ne pripada metropolijama. HBK ima dvadesetoricu biskupa od kojih su trojica pomoćni biskupi. Po Statutu HBK svi biskupi imaju jednaka prava osim u nekim pitanjima u kojima pomoćni biskupi nemaju isti glas kao ordinariji.

Vrhovno tijelo Hrvatske biskupske konferencije je Sabor HBK koji čine svi biskupi, okuplja se dva puta godišnje na redovitim zasjedanjima, proljetnom u travnju i jesenskom u listopadu. Održavaju se i dva izvanredna zasjedanja (koja su zapravo redovita), u siječnju uz Teološko-pastoralni tjedan i jedno u lipnju.

U sklopu djelovanja HBK postoje i zadaće koje se povjeravaju biskupima. HBK bira predsjednika koji je zastupa i pred državnim tijelima i općenito. Stalno vijeće HBK brine se za izvršavanje zaključaka plenuma. Generalno tajništvo brine se za ispunjavanje zaključaka Sabora, Stalnog vijeća ili predsjednika HBK. U ustroju slijede biskupske komisije sastavljene od biskupa. To su biskupske komisije za liturgiju, za Hrvatski Caritas, za dijalog sa Srpskom pravoslavnom Crkvom, za odnose s državom i za Papinski hrvatski zavod sv. Jeronima (tu komisiju čine biskupi iz Hrvatske i jedan iz BiH). Dok Hrvatska nije bila članica Europske unije djelovala je biskupska komisija za pitanja EU. Kao članica EU biskupska konferencija ima predstavnike u Vijeću biskupskih konferencija Europske unije i u Vijeću europskih biskupskih konferencija.

U sklopu HBK postoje vijeća koja obrađuju pojedina pitanja, na čelu su im biskupi. To su Vijeće za nauk vjere, za katehizaciju i novu evangelizaciju, za kler, za ustanove posvećenog život i družbe apostolskog života, za život i obitelj, za laike, za katolički odgoj i obrazovanje, za ekumenizam i dijalog, za kulturu i kulturna dobra, za misije, za pastoral migranata i pomoraca, i Vijeće HBK i BK BiH za inozemnu pastvu.

Nadalje postoje odbori za mlade, za sredstva društvenih komunikacija, za pastoral osoba lišenih slobode, za pastoral Roma i za djelatnike u zdravstvu. U sklopu Generalnog tajništva je generalni tajnik koji vodi brigu oko usklađivanja rada svih institucija HBK. Biskup Palić pojasnio je đakonima da je zgrada HBK useljena 2011. Dotad je HBK imala nekoliko ureda na Kaptolu 22, a ostali uredi i ustanove bili su raspršeni na drugim adresama.

Đakonima su rad ureda HBK predstavili tajnica Centra za promicanje socijalnog nauka Crkve dr. Dubravka Petrović Štefanac, tajnica Ureda za laička društva, pokrete i zajednice Marija Žebec, tajnica Ured HBK za mlade Ivana Čogelja, voditelj Ureda za život i obitelj Petar-Krešimir Hodžić, tajnik Nacionalnog ureda za katoličke škole Danijel Holeš, tajnica Nacionalnog katehetskog ureda Anita Vranić, predstojnik Tiskovnog ureda Zvonimir Ancić, ravnatelj Hrvatskoga Caritasa i Hrvatske katoličke mreže mons. Fabijan Svalina te glavni urednik Hrvatske katoličke mreže Siniša Kovačić.

Mons. Svalina i Kovačić predstavili su rad Hrvatske katoličke mreže u koju su integrirana tri medija: Informativna katolička agencija, Hrvatski katolički radio i novi mediji. Mons. Svalina rekao je da postoji želja opremiti i televizijski studio koji bi se koristio za postojeće platforme, a proizvodio bi i sadržaj koji bi se nudio drugim zainteresiranim medijskim kućama, posebice lokalnim medijima. Glavni urednik Kovačić pozvao je đakone na suradnju ističući važnost medijskog djelovanja Crkve u društvu. Đakoni su pri tome obišli moderno opremljeni studio iz kojega se emitira program HKR-a.

Tema predavanja 3. studijskog tjedna Đakonske pastoralne godine 2019./2020. je „Svećenička permanentna izobrazba“, a 4. studijskog tjedna „Služba župnika i župnog vikara“. Program Đakonske pastoralne godine sastoji se od tri dijela: obrazovno-studijskog, koji se održava u šest studijskih tjedana u organizaciji Nadbiskupijskoga pastoralnog instituta; pastoralno-praktičnog pastoralnog praktikuma, koji se odvija u župama; kao i odgojno-duhovnog, za koji su zadužene Nadbiskupsko bogoslovno sjemenište i redovničke formacijske kuće.