Mons. Franjo Komarica rođen je 3. veljače 1946. u Novakovićima, u župi Petrićevac. Roditelji Ivo i Ivka rođ. Marić imali su 11 djece – šestoricu sinova i pet kćeri. Franjo je osmogodišnju školu završio u Banjoj Luci. Sjemenišnu gimnaziju pohađao je u Zagrebu (1961. – 1963.) i Đakovu (1963. – 1965.) gdje je maturirao, zajedno s umirovljenim vrhbosanskim nadbiskupom kardinalom Vinkom Puljićem. Nakon odsluženja obveznog vojnog roka započeo je teološki studij u Đakovu (1967. – 1968.), a nastavio ga je na Teološkom fakultetu Sveučilišta u Innsbrucku (1968. – 1972.).

Za svećenika ga je zaredio biskup Alfred Pichler u crkvi otaca trapista u Banjoj Luci, 29. lipnja 1972. Nakon ređenja nastavio je posebni studij u Innsbrucku, gdje je 1973. magistrirao, a 1978. doktorirao iz područja liturgike. Uz glavni studij, studirao je glazbu na insbruškom Konzervatoriju te andragogiju na tamošnjem Filozofskom fakultetu.

Po svršetku studija, imenovan je predavačem na Vrhbosanskoj visokoj teološkoj školi u Sarajevu, gdje je od 1978. do 1986. predavao liturgiku, liturgijski pastoral, pastoral selilaca i crkveno pjevanje. Ujedno je vodio dva crkvena zbora: bogoslovski i katedralni.

Sveti papa Ivan Pavao II. imenovao ga je 28. listopada 1985. pomoćnim banjolučkim biskupom i naslovnim biskupom Satafisa u Africi. Na Bogojavljenje, 6. siječnja 1986., zaredio ga je za biskupa u bazilici sv. Petra. Oko tri i pol godine bio je generalni vikar Banjolučke biskupije za biskupovanja mons. Pichlera, do njegova umirovljenja. Imenovan je rezidencijalnim biskupom 15. svibnja 1989., a 15. srpnja svečano je preuzeo upravu biskupije.

Osim uprave povjerene mu Banjolučke biskupije, obnašao je razne dužnosti u biskupskim konferencijama, prvo Jugoslavije, a potom Bosne i Hercegovine. U BKJ-u bio je predsjednik Vijeća za laike (1986. – 1989.) i Hrvatskog liturgijskog vijeća (1989. – 1993.). Nakon što je 1994. godine osnovana Biskupska konferencija BiH, obnašao je službe predsjednika nekoliko vijeća. Od 2002. – 2005. bio je predsjednik BK BiH. Sv. Ivan Pavao II. imenovao ga je 1992. članom Papinskog vijeća za dijalog s nekršćanima.

Uz svoje profesorske i biskupske obveze bavio se i pisanjem. Objavio je stručne radove iz područja liturgijske znanosti, ljudskih prava i crkvene glazbe u domaćim i stranim časopisima i zbornicima. Kao biskup objavio je zbirku dokumenata koje je napisao tijekom ratnih zbivanja 1991. – 1995. pod naslovom „U obrani obespravljenih. Izbor iz dokumenata banjalučkog biskupa i Biskupskog ordinarijata Banja Luka tijekom ratnih godina od 1991. do 1995.“, koja je doživjela dva izdanja, a objavljena je i na engleskome, njemačkome (također dva izdanja) i talijanskome jeziku. Povodom nominacije za Nobelovu nagradu za mir, objavljena je njegova knjiga „U obrani čovjekova dostojanstva“.

Providnost mu je namijenila tešku zadaću: voditi biskupiju u dramatičnom razdoblju oružane agresije na Bosnu i Hercegovinu, kada je gotovo posve uništena. Zlostavljana su i ubijena od srpskih snaga sedmorica svećenika i jedna redovnica; nekoliko je svećenika jedva preživjelo zlostavljanje; brojne crkve, kapelice, župne kuće i samostani su srušeni ili su teško oštećeni; dvije trećine vjernika prognano je i nikada se više nisu vratili; nekoliko je župa posve ugaslo, a u drugima je ostalo tek po nekoliko desetaka ili stotina vjernika. Od 130 tisuća katolika, koliko je u biskupiji živjelo 1991. godine, danas ih je nešto manje od 40 tisuća.

Biskup Komarica se neumorno trudio oko očuvanja mira i poticao brojne mirovne inicijative s državnim i crkvenim prvacima. Kad je rat izbio, trudio se oko ponovne uspostave mira. Po prestanku rata borio se za povratak svih prognanih na svoja ognjišta, neumorno se zauzimao za dostavu humanitarne pomoći svojim vjernicima, kao i svima drugima, koliko je to bilo moguće. Brinuo se i za obnovu obiteljskih kuća i crkvenih objekata, od kojih su mnogi građeni posve od temelja.

Osobit vid humanitarnog, odnosno karitativnog rada bilo je stavljanje biskupske kuće na raspolaganje za Caritasove ambulante, dok se sam biskup, zajedno sa svojim suradnicima, preselio u Svećenički dom. Zauzimao se za nabavu potrebnih aparata, lijekova i pomagala za gradske bolnice, za bolesne po kućama itd.

Neposredno uoči izbijanja ratnih sukoba, godine 1990. osnovao je Teološki institut u Banjoj Luci za obrazovanje katoličkih vjernika laika, koji je radio sve do 1995., kada je silom (ne)prilika morao prestati s radom. U ljeto 2005. dao je obnoviti zgradu nekadašnje škole sestara milosrdnica, u kojoj je u jesen iste godine počela s radom katolička gimnazija.

Ujesen 2005., na biskupovu zamolbu, redovnice Družbe misionarki ljubavi sv. M. Terezije iz Kolkate otvorile su u središtu Banje Luke svoju prvu redovničku kuću u BiH. U zgradi Biskupskog ordinarijata 16. studenog 2005. utemeljio je Europsku akademiju, a 3. veljače 2006. osnovao je Centar za život i obitelj pri Caritasu Banjolučke biskupije.

Biskup Komarica otvorio je 20. rujna 2020. Europski centara za mir i suradnju u Kući susreta „Marija Zvijezda“, u nekadašnjem trapističkom samostanu.

Za svoje djelovanje primio je niz međunarodnih priznanja i nagrada, a 1997. i 2004. nominiran je za Nobelovu nagradu za mir.

Uporno se zauzimao za proglašenje blaženim sina Banjolučke biskupije Ivana Merza. Svečanost beatifikacije 22. lipnja 2003. na Petrićevcu predvodio je sv. Ivan Pavao II., tijekom svoga drugog apostolskog putovanja u BiH, na kojem mu je mons. Komarica bio domaćin.