Po njegovu dolasku u Zagreb u utorak, 9. listopada, tajnika za odnose s državama, u pratnji mons. Giovannija Gasparija, savjetnik nuncijature na službi pri Odsjeku za odnose s državama, u zračnoj luci dočekali su apostolski nuncij mons. Giuseppe Pinto, zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić, predsjednik Hrvatske biskupske konferencije mons. Želimir Puljić i generalni tajnik Biskupske konferencije mons. Petar Palić, hvarski biskup. Na dočeku su bili prisutni i tajnik Apostolske nuncijature u Zagrebu mons. Janusz Błachowiak, veleposlanik Republike Hrvatske pri Svetoj Stolici Neven Pelicarić i nekoliko dužnosnika državnog protokola.

U srijedu 10. listopada, mons. Gallagher se u sjedištu Apostolske nuncijature susreo s predstavnicima drugih kršćanskih vjeroispovijesti i vjerskih zajednica prisutnih u Hrvatskoj. Pozdravio ga je predsjednik Vijeća HBK za ekumenizam i međureligijski dijalog mons. Antun Škvorčević, požeški biskup. U svom pozdravu nadbiskup Gallagher podsjetio je na važnost religije za život čovjeka i društva, potičući dijalog, svjedočenje duhovnih i etičkih vrijednosti i suradnju oko velikih stvari čovječanstva. U kasnijem razgovoru naglasak je stavljen na potrebi poštivanja religija i na razumijevanje, koje nadilazi puku toleranciju istih.

Nakon toga, tajnik za odnose s državama je u Velikoj dvorani Hrvatskoga katoličkog sveučilišta, sa sjedištem u Zagrebu, održao predavanje o ugovorima koje sklapa Sveta Stolica. Osim predstavnika akademskih vlasti i studenata na predavanju su bili prisutni također predstavnici državnih i diplomatskih vlasti. Predavanju uglednoga gosta prethodili su pozdravni govori zagrebačkog nadbiskupa i velikog kancelara Hrvatskoga katoličkog sveučilišta kardinala Bozanića i prorektora prof. Emilija Marina, bivšeg veleposlanika Republike Hrvatske pri Svetoj Stolici.

U četvrtak 11. listopada mons. Gallagher se u sjedištu Biskupske konferencije susreo i razgovarao s biskupima okupljenima tog dana na plenarnom zasjedanju. Uvodeći u raspravu on je podsjetio na kršćanski identitet Hrvatske, koji predstavlja strukturnu sastavnicu hrvatskog društva, danas pogođenog razdobljem tranzicije koje također uključuje odgovornost Katoličke Crkve.

Susretu s hrvatskim biskupima prethodio je intervju za katoličke medije u kojem je tajnik za odnose sa državama odgovarao na pitanja o značaju njegova posjeta i općim pitanjima vezanima uz Crkvu u Hrvatskoj.

Nakon zajedničkog ručka s biskupima, mons. Gallagher je pošao u Đakovo, u regiji Slavoniji, koja se nalazi na sjeveroistoku Hrvatske, gdje je u veličanstvenoj katedrali do kraja ispunjenoj vjernicima predsjedao euharistijskim slavljem povodom desete obljetnice uspostave Đakovačko-osječke crkvene pokrajine. Dočekali su ga nadbiskup mons. Đuro Hranić i brojni biskupi i svećenici. Bili su prisutni također predstavnici episkopata susjedne Srbije i Bosne i Hercegovine: beogradski nadbiskup, srijemski biskup i vojni ordinarij u Bosni i Hercegovini.

U homiliji je tajnik za odnose s državama podsjetio da tamo gdje su različita uvjerenja o istini dovela i dalje dovode do napetosti, nerazumijevanjâ, a ponekad i do društvenih i političkih sukoba, Kristova je ljubav neizostavno polazište kako bismo mogli uočiti ono što nas ujedinjuje i drži zajedno, više od svega onoga što nas razlikuje i odvaja, i kako bismo, tako, mogli razvijati naume mira koji otvaraju put praštanju i pomirenju.

Na kraju u petak, 12. listopada, mons. Gallagher se sastao s Predsjednikom Vlade, gospodinom Andrejom Plenkovićem i, odmah zatim, s ministrom vanjskih poslova gospođom Marijom Pejčinović Burić s kojima je razgovarao o političkim prilikama u svijetu te bilateralnim pitanjima.

Prije odlaska u Rim tajnik za odnose s državama posjetio je zagrebačku katedralu, u kojoj se čuvaju posmrtni ostaci blaženog Alojzija Stepinca, gdje se zadržao u osobnoj molitvi zajedno sa zagrebačkim nadbiskupom i dvojicom pomoćnih biskupa.