Mons. Pizzaballa rođen je 21. travnja 1965. u biskupiji Bergamo u Italiji. Doživotne zavjete u Franjevačkoj provinciji Krista Kralja (Bologna) položio je 14. kolovoza 1989. Za svećenik je zaređen u Bologni 15. rujna 1990.

U franjevačku Kustodiju Svete Zemlje stigao je Od 7. kolovoza 1990. Na Franjevačkom studiju Biblicum u Jeruzalemu 1993. završio je specijalizaciju te je postao proferor biblijskoga hebrejskog jezika na Franjevačkom fakultetu biblijskih i arheoloških znanosti u Jeruzalemu. Službu u Kustodiji Svete Zemlje započeo je 2. srpnja 1999. Gvardijanom Samostana sv. Šimuna i Ane u Jeruzalemu postao je 9. svibnja 2001.

Bavio se pastoralom vjernika govornika hebrejskog jezika te je od 2005. – 2008. bio patrijarhatski vikar.

Generalni definitorij Reda manje braće u svibnju 2004. izabrao ga je za kustoda Svete Zemlje i gvardijana samostana na Sionu, što je ostao do travnja 2016.

Papa Franjo imenovao ga je 24. lipnja 2016. naslovnim nadbiskupom Verba i apostolskim upraviteljem sede vacante Jeruzalemskoga latinskog patrijarhata. Za biskupa ga je u katedrali u Bergamu zaredio kardinal Leonardo Sandri 10. rujna.

Mons. Pizzaballa član je Kongregacije za Istočne Crkve.