Mitropolija Besarabije, legalno registrirana u Chişinăuu 2002. godine, optužuje svoje klerikalne kolege povezane s Moskvom za podršku ruskoj politici i vojnoj agresiji na Ukrajinu. Zbog toga su, navode iz rumunjske Crkve, svećenici koji su odbili prihvatiti takva opravdanja bili izbačeni iz službe. U priopćenjima Mitropolije Besarabije ističe se da naziv „Pravoslavna Crkva Moldavije“ nije povijesno ni kanonski točan te da stvara zbrku među vjernicima, jer se zapravo odnosi samo na lokalnu strukturu Moskovskog patrijarhata i uglavnom okuplja rusofone vjernike. Po njima, „pravi Moldavci“ pripadaju rumunjskoj, odnosno besarabijskoj Crkvi.

Rumunjski patrijarhat također optužuje pojedine biskupe proruskog krila da se „izravno i agresivno“ upliću u izborne procese u Moldaviji te oštro osuđuje svako političko djelovanje unutar Crkve. S druge strane, Moldavska mitropolija povezana s Moskvom odbacuje te optužbe i tvrdi da nema izravnih veza s ruskom državnom politikom te da predstavlja „Crkvu cijelog naroda Moldavije“, otvorenu pripadnicima svih etničkih i jezičnih skupina. Naglašavaju da su „slobodna i neovisna Crkva u vlastitoj upravi“.

Napetosti traju godinama i povremeno eskaliraju. Već je 2020. moldavsko-moskovska hijerarhija lišila svećeničkog statusa jedanaestoricu svećenika koji su odlučili „prijeći na drugu stranu“. Proglasila je njihov postupak „arbitrarnim, neutemeljenim i nekanonskim“. Besarabijska mitropolija odbacila je te odluke kao nevažeće, tvrdeći da su svećenici djelovali u skladu sa svojim zajednicama te da su veze s Moskvom već duže vrijeme bile praktično prekinute.

Ovaj prijepor ima i snažnu povijesnu dimenziju. Sam naziv „Besarabija“ upućuje na nekad vrlo sporno područje između Dunava i Dnjestra, koje je kroz stoljeća bilo tampon-zona između velikih sila — Austrije, Ruskog Carstva i Osmanskog Carstva. Tijekom 1918. regija je kratko bila neovisna, potom se demokratski priključila Rumunjskoj, a nakon Drugoga svjetskog rata pripala Sovjetskom Savezu. Danas se sjeverni dio Besarabije nalazi u Republici Moldaviji, a južni dio, tzv. povijesna Besarabija, u Ukrajini.

Pravoslavne Crkve u tom području tijekom povijesti su često mijenjale jurisdikciju ovisno o političkim okolnostima. Današnje pozicioniranje Mitropolije Besarabije unutar Rumunjske jasno izražava želju za udaljavanjem od ruskog utjecaja, što dodatno produbljuje tenzije između Moskve i Chișinăua. Kao i u slučaju Ukrajine, aktualni sukob ima snažnu političku, ali i izrazito religijsku komponentu.