Prema najnovijem crkvenom uređenju, u Banjoj Luci već 122 godine postoji katolička biskupija. Osnovao ju je 5. srpnja 1881. papa Lav XIII., bulom Ex hac augusta. Do sada je imala pet biskupa koji su rezidirali u Banjoj Luci, a kraće vrijeme su njome upravljali (nad)biskupi iz drugih biskupskih sjedišta, usporedo s predvođenjem svojih biskupija (nadbiskup Josip Stadler iz Sarajeva i biskup Smiljan Čekada iz Skoplja). Sadašnji biskup mons. dr. sc. Franjo Komarica upravlja biskupijom od 15. srpnja 1989.

Međutim, to nije ni izdaleka početak katoličke nazočnosti u ovim krajevima. Štoviše, kršćanstvo je u ove krajeve došlo još u rimsko doba, te je ovdje pustilo duboke korijene i imalo svoju crkvenu organizaciju. Na području današnje Banjolučke biskupije bilo je u to doba sjedište barem jedne biskupije, one u mjestu Baloie (vjerojatno kod današnjeg Šipova), čiji biskup sudjeluje na crkvenoj sinodi u Saloni 530. godine. Nakon barbarskog pustošenje te doseljenja i pokrštenja Hrvata, ovi su krajevi u crkvenom pogledu pripadali okolnim biskupijama: Splitskoj, Ninskoj, Kninskoj, Krbavskoj i Bosanskoj, a samo područje današnje Banje Luke i cijelog područja sjevernije od nje Zagrebačkoj biskupiji. Vjerojatno je na području današnje Banje Luke bio stari grad Vrbas, sjedište Vrbaske županije. U pisanim pak spomenicima grad pod imenom Banja Luka prvi se put spominje 1494. godine. O bujnom životu Katoličke Crkve u ovim krajevima prije pada pod tursku osvajačku vlast svjedoče brojne otkrivene crkve iz antičkog i srednjovjekovnog doba. Takvih je crkava i crkvina npr. samo u današnjem Bihaćkom dekanatu poznato čak stotinjak!

Težak udarac Katoličkoj Crkvi u cijeloj BiH pa tako i u današnjoj Banjolučkoj biskupiji zadali su Osmanlije svojim osvajanjem, rušenjem i islamizacijom. Naseljavanjem pravoslavnog stanovništva koje su provodili Turci, bitno se mijenjala etnička i vjerska slika ovih krajeva. Od konačnog pada Banje Luke pod tursku vlast 1528. godine pastoralni kler u ovim krajevima bili su gotovo isključivo bosanski franjevci. Biskupi se nisu usuđivali dolaziti u dijelove svojih biskupija koje su pale pod tursku vlast. Zato je godine 1735. umjesto postojećih biskupija Sveta Stolica osnovala Apostolski vikarijat u otomanskoj Bosni, kojemu je pripala cijela Bosna i Hercegovina i, dakako, Banja Luka, a njime je upravljao apostolski vikar s biskupskim redom, koji je u pravilu bio franjevac. Takvo je rješenje ostalo gotovo stoljeće i pol, sve do osnutka Banjolučke biskupije 1881. godine. Katolička Crkva u Banjoj Luci je osobito teško stradala u vrijeme velikog tzv. Bečkog rata (1681. – 1699.), a naročito 1737. godine u tzv. Banjolučkom ratu, kada je spaljena i župna crkva, a vjernici su se u velikom broju iselili.

Sam grad Banja Luka je već od starine imao svoju župu, svakako još iz predturskog doba. Nažalost, u dugom razdoblju turske vladavine nestali su tragovi brojnih crkava, a da i ne govorimo o župnim knjigama, spisima i drugoj pisanoj građi. Najstarije matice krštenih, vjenčanih i umrlih banjolučke Župe Pohoda Blažene Djevice Marije potječu iz 1753. godine, a pisane su dijelom bosančicom na hrvatskom jeziku (ikavicom), a dijelom na latinskom. Međutim, u gradu se u (pred)turskom razdoblju spominju crkve sv. Marka i sv. Ljudevita na Laušu, te crkvica Blažene Djevice Marije na Paprikovcu, dok sjedište župe nije početkom 19. stoljeća preneseno u zabačeno selo Rakovac, da bi bilo zaštićenije od turske samovolje. Neki pak povjesničari smatraju da su tu (u gradu Vrbasu i varoši pod njim) u srednjem vijeku bile crkve sv. Martina i sv. Elizabete koje se spominju u popisu dubičkog arhiđakona Ivana 1334. godine. Sve je to, nažalost, do danas neistraženo i prekriveno velom zaborava.

Povijest katoličanstva u Banjoj Luci i bližoj okolici, koja je također pripadala banjolučkoj župi, može se bolje pratiti tek u posljednja dva i pol stoljeća, otkada postoje prve sačuvane župne matice. Sjedište župe je 1859. ponovno preneseno u sam grad i to na mjesto gdje danas stoji župna crkva i kuća. Tu je kao bogoslužni prostor služila jedna skromna kuća koja je 1876. spaljena, pa je napravljena druga jednako skromna baraka, dok 1891. nije napravljena današnja župna crkva. Nekoliko godina prije toga (1884. – 1885.) napravljena je prva katedrala u Banjoj Luci, odmah po dolasku biskupa fra Marijana Markovića u svoje biskupsko sjedište Banju Luku, a posvećena je sv. Bonaventuri, zaštitniku biskupije.

U Katoličkom tjedniku 10/2024. objavljen je popis biskupa i apostolskih upravitelja Banjolučke biskupije:

• vrhbosanski nadbiskup Josip Stadler, apostolski upravitelj (1882. – 1884.)
• naslovni biskup Danabe (Sirija) Marijan Marković, apostolski upravitelj (1884. – 1912.)
• Josip Stjepan Garić, rezidencijalni biskup (1912. – 1946.)
• skopski biskup Smiljan Franjo Čekada, apostolski upravitelj (1946. – 1951.)
• naslovni biskup Dionysiasa (Sirija) Dragutin Čelik, apostolski upravitelj (1951. – 1958.)
• Alfred Pichler, rezidencijalni biskup (1959. – 1989.)
• Franjo Komarica, rezidencijalni biskup (1989. – 2023.) i apostolski upravitelj (2023. – 2024.)