Rupnik je u prosincu 2022. bio u središtu izvještaja talijanskih i svjetskih medija o svjedočanstvima nekoliko redovnica o seksualnom zlostavljanju i iskorištavanju. Prema internom priopćenju sveučilišta Gregoriana, koje vode isusovci, tu mu više nije dopušteno predavati, a ne smije više ni nadzirati znanstvene radove, odnosno biti mentor. Također su s mrežne stranice tog sveučilišta ukinute sve poveznice na njegovo ime.

Dan prije Badnjaka Rimska biskupija najavila je reviziju i moguće disciplinske mjere protiv Rupnika. Njegova radionica mozaika, „Centro Aletti“ nalazi se u Rimskoj biskupiji, a izradila je mozaike za 150 crkava diljem svijeta.

Nekoliko redovnica iz Slovenije optužuje Rupnika da je 1990-ih nad njima počinio duhovničko zlostavljanje i seksualno nasilje. Krajem prosinca Slovenska biskupska konferencija ogradila se od Rupnika i osudila „sva psihička, seksualna i duhovnička nasilja koja je počinio o. Rupnik“, kao i njegove „teške zloporabe u sakramentu pomirenja“. Izrazili su žalost što su toliko godina te radnje za svaku osudu „ostale prikrivene, uzrokujući toliko patnje žrtvama i njihovim bližnjima“.

Slučajem je ostala šokirana i katolička organizacija za pomoć istočnoj Europi Renovabis. U prvim godinama organizacije Rupnik je primao stipendije za mlade znanstvenike iz istočne Europe, za studiranje na rimskom institutu „Centro Aletti“. Osim toga, 1993. su godine poduprli i sestre iz zajednice Loyola u Ljubljanskoj nadbiskupiji u Sloveniji. Njihova je kuća za duhovne vježbe izričito spomenuta u aktualnim optužbama protiv Rupnika i to kao mjesto navodnog zlostavljanja. U slučaju seksualnog zlostavljanja Renovabis ima beskompromisan stav, istaknuo je direktor Renovabisa Thomas Schwartz. To se odnosi i na projektne partnere.

Vodstvo isusovaca u Rimu prethodno je objavilo detalje o tome kako se odgovorne crkvene osobe odnose prema slučaju. Sukladno tome, u listopadu 2018. godine u isusovačkom sjedištu u Rimu zaprimljena je pritužba o sakramentalnom „odrješenju suučesnika“. Prema kanonskom pravu, to je vrlo ozbiljan zločin i rezultira automatskim izopćenjem. U svibnju 2020. tadašnja Kongregacija za nauk vjere službeno je proglasila Rupnikovu ekskomunikaciju te ju je – nakon što je on zbog čina požalio – u istom mjesecu i ukinula.

Daljnje pritužbe najmanje devet žena, većinom redovnica, za zloporabu duhovne moći i za seksualna zlostavljanja, dovele su do daljnjih crkvenih istraga protiv Rupnika. No, suđenje nije pokrenuto zbog zastare.