Obred je predslavio provincijal fra Ivo Martinović, a uz njega su bili fra Petar Bašić, vikar samostana u Odri i fra Zvonimir Brusač, provincijski tajnik. Uz fra Stojanova brata Ivicu i njegovu obitelj, članove obitelji njegove pokojne sestre Anice i pokojne braće Blage i Marka i ostalu rodbinu, bilo je više od trideset redovnika Provincije franjevaca trećoredaca, nekoliko drugih svećenika i časnih sestara redovnica te njegovi brojni prijatelji i znanci.

Na početku obreda provincijal je izrazio sućut bratu Ivici i sestrama Mariji i Ivi, koje žive u Australiji i nisu mogle doći, i njihovim obiteljima, obiteljima pokojne sestre i braće, svoj rodbini i svima koji su došli na oproštaj od fra Stojana.

Zatim je pročitano pismo sućuti krčkog biskupa mons. Ivice Petanjka. Izražavajući svoju sućut i prenoseći izraze sućuti svećenika Krčke biskupije biskup je i pismu, između ostalog, poručio: „Otac Stojan je našem prezbiteriju bio poznat i drag redovnik jer je službovao kao župnik u Martinšćici na Cresu (…), a mnogo više vremena kao gvardijan u Martinšćici i na Portu na Krku. Uostalom, on je započeo svoj franjevački hod polaganjem prvih redovničkih zavjeta 1963. godine upravo u samostanu sv. Franje u gradu Krku. Među svećenicima ove biskupije ostao je otac Stojan zapažen svojom otvorenošću u bratskim susretima i spremnošću da pomogne u pastoralu po našim župama kad god je to bilo potrebno.“ Nakon toga životni put i djelovanje fra Stojana prikazao je provincijski tajnik fra Zvonimir Brusač.

Zatim je provincijal održao prigodnu homiliju. „Na kraju fra Stojanovoga životnog puta želimo Bogu zahvaliti za njegovo rođenje, život, roditelje, braću i sestre, za obitelj u kojoj je odrastao i sve što je u njoj primio, jer se u njoj oblikovala njegova ljudska i kršćanska osobnost, koja je rasla kroz redovnički i svećenički odgoj i formiranje te se potpuno ostvarila u našoj zajednici marljivim radom, služenjem i dobrotom u žrtvi za Boga, Crkvu, Provinciju i narod Božji, po kojoj, vjerujemo, postaje dionik uskrsnuća i života vječnoga“, kazao je fra Ivo.

„Njegova vjera koju je primio u obitelji i u kojoj se opredijelio za franjevački i svećenički poziv“, nastavio je, „postala je temelj njegovoga apostolata i pastorala, karitativnog djelovanja, propovijedanja i naviještanja Kristove ljubavi u burnim i mirnim vremenima, u Hrvatskoj i inozemstvu, u svemu po čemu je kod svih bio prepoznatljiv kao svećenik i fratar“. Napomenuvši da je bio „vesele i jednostavne naravi“, podsjetio je kako je, uz njegov smisao za humor i šalu, „u njegov identitet bila utkana posebna marljivost po kojoj ga prepoznaju osobito stariji fratri“. Zaključujući homiliju, kazao je kako „lik i život ovoga skromnog franjevca i svećenika, koji je u Njemačkoj, Splitu, Martinšćici i Portu naviještao Krista u zahtjevnim vremenima i različitim društvenim stvarnostima, u životima vjernika i fratara, ostaju prepoznatljivi znak jednostavnoga čovjeka Božjeg koji je iskrenim srcem živio za Boga, Crkvu i čovjeka.“

Na kraju obreda fra Branko Lovrić, gvardijan samostana u Odri, uputio je riječi zahvale liječnicima i osoblju Kliničke bolnice „Sestre milosrdnice“, njegovateljicama u „Kući sv. Franje – domu za starije i nemoćne osobe“ u Odri i fra Anti Lukendi, redovničkom bratu u samostanu u Odri, za posebnu i zauzetu brigu i pažnju prema fra Stojanu posljednje dvije godine, tijekom kojih je uz redovnu hemodijalizu često morao odlaziti i na druge bolničke odjele radi pregleda ili liječenja.

Tijelo pokojnog fra Stojana, praćeno molitvom i pjesmom nazočnih, pokopano je nakon posljednje preporuke i oproštaja u grobnicu „braće Trećega reda sv. Franje“ na Mirogoju.

Misu zadušnicu u Dvorani biskupa Srećka kraj crkve sv. Franje Ksaverskoga (koja nije uporabljiva zbog oštećenja u potresu) predslavio je provincijal fra Ivo Martinović u koncelebraciji s više od trideset svećenika i uz sudjelovanje brojne rodbine i prijatelja. U kratkoj homiliji provincijal je ukazao na našu vjeru da će Gospodin „preobraziti ovo naše bijedno tijelo i suobličiti ga tijelu svomu slavnomu“ i podsjetio kako je Isus molio Oca da njegovi vjernici budu s njim i gledaju njegovu slavu. „Euharistija“, nastavio je, „koju je fra Stojan toliko puta slavio početak je preobrazbe o kojoj govori Isus. Susret je u kojem, poput Isusa, i mi molimo za druge. Upravo to želimo činiti sada ‒ moliti za pokoj duše fra Stojana i za sve one s kojima je on bio povezan, u obitelji i u zajedništvu vjere.“

Vinko Delinac, voditelj hrvatske katoličke zajednice u Gelsenkirchenu u Njemačkoj, u kojem je fra Stojan djelovao deset godina (1972. – 1982.), poslao je poruku sućuti. „U ime ove naše zajednice i u svoje osobno ime zahvaljujem dobrom Bogu što si vodio ovu našu zajednicu ovdje u Gelsenkirchenu s puno ljubavi. Neka Bog nagradi tvoj duboko ljudski i plemeniti život i rad“, piše među ostalim u poruci.

Na sprovodu i svetoj misi zadušnici posluživali su mladomisnik fra Mirko Mišković, novak Tomislav Sabađija i aspirant Parik Mežnarić, a za liturgijsko pjevanje i sviranje brinuo se fra Branko Lovrić. Nakon mise svi su se sudionici okupili na susretu i okrjepi u samostanskoj blagovaonici i dvorištu.