Fra Josip Špehar, gvardijan i jedini stanovnik samostana, koji se o njemu skrbi više od 30 godina, i tijekom same obnove i njezine prezentacije imao je primjedbe koje je javno iznio, a one su još vidljivije danas, nakon dvije i pol godine i uz prva iskustva djelovanja u obnovljenom prostoru. Fra Josip je za izdanje novosadskog dnevnog lista „Dnevnik“ od 19. prosinca iznio neke od tih primjedbi. „Podovi su urađeni drukčije u odnosu na negdašnji izgled. Izgled vrta u samostanskom dvorištu je izmjenjen, a grobovi u zadnjem dvorištu su iskopani tijekom arheoloških istraživanja, a kosti pokojnika nedostojanstveno ostavljene u podrumu u drvenim gajbicama, poslagane jedne na drugu, što zaista djeluje tužno. Arheolog je u mirovini i što sad s tim kostima? Smatrali su to manje vrijednim arheološkim nalazima, jer sve što je vrijedilo odnijeto je za Novi Sad. Rimske cigle sam sâm spasio, i izložene su. Bager je to utovarivao, bilo mi je žao, te sam ispod njega hvatao i spašavao cigle. U XII. stoljeću na crkvi je bio glazirani crijep i to nikoga nije zanimalo, a meni je bilo žao da se to baci“, pojasnio je o. Špehar. Kazao je da nije primjereno što se arheološki nalaz vidi s ulaza u samostan, gdje je urađena intervencija na zidu kako bi turisti već s vrata vidjeli što sve se unutra nalazi. „Bio sam protiv toga i želio da tu ostane zid, ali to je sada otvoreno i ružno stoji, te propadaju i ostali grobovi i temelji kapele. Na mjestu arheološkog iskopišta stajala je i radionica u kojoj je pravljen glazirani crijep, to je sve iskopano i stoji tako već pet godina nezaštićeno. Potrebni su novi projekti, tako mi je rečeno, ali to i dalje stoji“, rekao je o. Špehar.

Samostan je rekonstruiran kako bi jedan njegov dio bio u funkciji muzeja, a Špehar je na samom ulasku u ovaj objekat postavio natpis: „Pokrajinski zavod (za zaštitu spomenika kulture) ostavio je raspadnute vitrine, nedovršene prostorije, neuporabljive instalacije, nedovršen i neispravan krov i oluke, nezaštićene temelje i grobove nakon arheoloških iskopavanja. Sve arheološke nalaze koje je samostan imao od ranije, kao i zbirku habanske keramike, koja je svjedočanstvo života u samostanu u XVIII. stoljeću odnio je u Muzej Vojvodine, Novi Sad, arheolog Nebojša Stanojev, kao i sve nalaze svojih arheoloških iskopavanja od 2016. do 2018.“. O. Špehar je novinarima rekao da se arheolog umirovio, a da se nalazi pronađeni u samostanu i dalje nalaze u Muzeju Vojvodine. Smatra da je u muzejskim prostorima naruženo osvjetljenje, koje je u neskladu s ostatkom prostorija.

„Vitrine su popadale dolje, cigle su stavili umjesto poda, što je za spolja, nagrdili su arhitekturu i donijeli silnu gvožđuriju, metalne pragove i postavili strukturu nalik Stonehengeu u Engleskoj. Samo narušavaju izgled, ostavljeno je veliko kamenje u hodniku, a moglo se staviti u podrum, koji je prostran“, primijetio je franjevac.

O. Špehar je ogorčen i što je odnesena vrijedna habanska keramika, a rečeno mu je da arheološki nalazi pripadaju državi. „Ta keramika je bila u unutarnjoj prostoriji, koja jest bila napuštena, jer su se tu nalazile stare stvari. Pola stvari sam uzeo i oprao i odnosio se s poštovanjem prema tome. Ne potražujem arheološke nalaze iz dvorišta, ali ono što je uzeto iz nutarnjega dijela zgrade smatram da pripada samostanu. Kada su radovi završeni sve je sjajno izgledalo, bilo je puno ljudi, novinara, no to smatram farsom jer restauracijski radovi nisu dovršeni. Imamo podno grijanje koje, primjerice, može zagrijati prostoriju do samo 12 stupnjeva, te ne znam kome služi. U dijelu gdje živim nije potrebno grijanje. Samostan je imao i pivnicu koja nije obnovljena, a to bi turistima možda i bilo zanimljivo. Imamo originalna vrata koja se nalaze na katu, sačuvana. To je tako vrijedno i bilo bi zanimljivo ljudima, ali tu su stavljena nova vrata po uzoru na stara, a nema ni struje. Po projektu prizemlje je trebalo biti cijelo uređeno, i muzej i prostorije koje su nam potrebne za samostan. Ostala je soba neuređena, bez struje“, zaključio je o. Špehar.

U članku o obnovi samostana, u tjedniku „Hrvatska riječ“ (br. 919) navedeno je da su natpisi za posjetitelje i natpisi muzejskih predmeta, kao i muzejske brošure i vodiči, ispisani na srpskom jeziku (uz engleski), čak i tamo gdje u srpskom nema odgovarajućih riječi za pojedine litrurgijske predmete. Hrvatskoga jezika nema ni na jednom dijelu, osdrednici ili predmetu. Izbjegnuto je da se kao odrednica rođenja o. Špehara napiše „Hrvatska“, već je za Križ, oko 40 kilometara od Zagreba, gdje je pater rođen, navedeno „Slavonija“. Uporno se u cijelom obnovljenom postavu koristi subetnička odrednica Šokac za bačke Hrvate, što izaziva bojazan da se i na ovakav način pokušava negirati prisustvo Hrvata na ovim prostorima“, navodi se u tjedniku.

Franjevački samostan u Baču je spomenik kulture iznimnog značenja, a za zaštitu je zadužen Pokrajinski zavod za zaštitu spomenika kulture iz Novog Sada. Godine 2019. Hrvatsko nacionalno vijeće u Republici Srbiji proglasilo ga je i nepokrenim kulturnim dobrom od posebnog značenja za hrvatsku nacionalnu manjinu. Najstariji dio ovog sakralnog kompleksa je iz XII. stoljeća, a franjevci su u njemu od 1301. godine.