U sastavu Povjerenstva predviđeno je pet radnih skupina.

Prva radna skupina posvećena je slušanju i pružanju potpore mjesnim Crkvama u suradnji s Caritasom Internationalis. Zadatak te skupine je ostvarivati suradnju s karitativnim inicijativama koje promiču druge stvarnosti Svete Stolice, poput Apostolske milostinjarne, Kongregacije za evangelizaciju naroda i Vatikanske ljekarne.

Druga radna skupina bavit će se istraživanjem i proučavanjem pandemije, razmišljanjem o društvu i svijetu nakon Covid-19, posebno na području okoliša, gospodarstva, rada, zdravlja, politike, komunikacije i sigurnosti.

Treća radna skupina, koju koordinira Dikasterij za komunikacije, bavit će se izvješćivanjem o radu skupina i promicat će komunikaciju s mjesnim Crkvama, pomažući im da odgovore na autentičan i vjerodostojan način na svijet nakon Covid-19.

Četvrtu radnu skupinu koordinira Odsjek za odnose s državama Državnog tajništva. Zadaća joj je podupirati Svetu Stolicu u njenim aktivnostima i njenim odnosima sa zemljama i međunarodnim tijelima.

Peta radna skupina ima za zadaću financiranje kojim će se podupirati pomoć koju će Povjerenstvo za Covid-19 pružati mjesnim crkvama i katoličkim udruženjima, te njegovo istraživanje, analize i komunikacijske aktivnosti.

Ciljeve pet radnih skupina koordinirat će Ravnateljstvo koje će podnositi izvješća izravno Svetome Ocu. U njegovu sastavu bit će prefekt Dikasterija za služenje cjelovitom ljudskom razvoju kardinal Peter K. A. Turkson, tajnik mons. Bruno-Marie Duffé i zamjenik tajnika preč. don Augusto Zampini.