Franjo Šeper rođen je u Osijeku 2. listopada 1905. Pučku školu pohađao je na Kaptolu, a 1924. godine maturirao je na zagrebačkoj donjogradskoj gimnaziji. Poznanstvo s Ivanom Merzom utjecalo je na njegovu odluku za svećeničkim pozivom. Već tijekom prvog semestra studija na KBF-u u Zagrebu, uz preporuku nadbiskupa Bauera studij nastavlja u Rimu kao pitomac zavoda Germanicum.

Na Papinskom sveučilištu Gregoriana, stječe doktorat iz filozofije, te teologije. Za svećenika je bio zaređen u Rimu 26. listopada 1930., a mladu misu imao je na blagdan Svih svetih u bazilici sv. Pavla izvan zidina. U Rimu je studirao i bio zaređen za svećenika zajedno s Alojzijem Stepincem, kojega je kasnije naslijedio kao zagrebački nadbiskup.

Poslije prezbiterskog ređenja, djelovao je kao vjeroučitelj u Zagrebu te je imenovan za tajnika nadbiskupa Antuna Bauera. Godine 1941. postao je rektor Nadbiskupskoga bogoslovnog sjemeništa. Nakon deset godina, 1951. morao je napustiti tu službu zbog političkih igara komunističkih vlasti te je imenovan župnikom zagrebačke Župe Krista Kralja.

No, već 22. srpnja 1954. papa Pio XII. imenovao ga je, na prijedlog nadbiskupa Stepinca, naslovnim nadbiskupom Filippopolisa (Trakija – Bugarska) i zagrebačkim nadbiskupom koadjutorom. Biskupsko posvećenje primio je u zagrebačkoj prvostolnici 21. rujna 1954. Za biskupsko geslo odabrao je riječi iz poslanice sv. Pavla Efežanima 4, 15 Veritatem facientes in caritate,(Ostvariti istinu u ljubavi). Nakon smrti Alojzija Stepinca, 12. veljače 1960. mons. Šeper preuzeo je upravu Zagrebačke nadbiskupije.

Bulom sv. Ivana XXIII. od 5. ožujka 1960. imenovan je za nadbiskupa metropolita, a 28. svibnja 1961. odlukom Državnog tajništva Svete Stolice imenovan je za predsjednika tadašnje Biskupske konferencije Jugoslavije. Do imenovanja za pročelnika Svete kongregacije za nauk vjere 8. siječnja 1968. razvijao je živu i uspješnu vjersku, kulturnu i posebice liturgijsku djelatnost. Utemeljio je 21 novu župu, od kojih osam u Zagrebu, pokrenuo je Caritas kao podružnicu Caritasa Internationalis, osnovao je Fond pape Ivana XXIII. za obnovu i pomoć crkvama koje su se našle u nestašici, utemeljio je Institut za crkvenu glazbu pri KBF-u, dao je inicijativu za osnivanje Katehetskog instituta pri istoj instituciji, osnovao je Glas Koncila, Mali Koncil i Kršćansku sadašnjost… Za njegova nadbiskupovanja uspostavljeni su diplomatski odnosi između Svete Stolice i Jugoslavije.

Nadbiskup Šeper sudjelovao je na Drugom vatikanskom saboru na kojem se zalagao za uvođenje đakonata, narodnog jezika u liturgiju, pričešćivanje pod obje prilike i koncelebraciju. Sv. Pavao VI. imenovao ga je kardinalom 22. veljače 1965. dodijelivši mu naslovnu crkvu sv. Petra i Pavla u EUR-u. Bio je prvi predsjednik novoosnovane Biskupske komisije za ekumenizam.

Prefekt Kongregacije za nauk vjere postao je kao prvi netalijan na toj službi. Također je bio predsjednik Međunarodne teološke komisije, Papinske biblijske komisije, član Papinske komisije za reviziju zakonika kanonskog prava te član nekoliko rimskih dikasterija.

Na mjestu zagrebačkog nadbiskupa 1970. godine naslijedio ga je mons. Franjo Kuharić, kojega je 3. svibnja 1964. zaredio za zagrebačkoga pomoćnog biskupa.

Za komornika Svetoga kardinalskog zbora Šeper je imenovan 12. prosinca 1974.

Dužnost predstojnika Svete kongregacije za nauk vjere obnašao je i za pontifikata Ivana Pavla I. i Ivana Pavla II., sve do 25. studenoga 1981. – mjesec dana prije svoje smrti. Misu zadušnicu u bazilici sv. Petra pred mrtvim tijelom kardinala Franje Šepera slavio je sv. Ivan Pavao II. Tom prilikom u homiliji je rekao da je Šeper bio čovjek Crkve koji je pripadao Kristu, oduvijek i do smrti; kojemu je vlastita vjernost Kristu bila program življenja, jednostavnog i iskrenog, poniznog i hrabrog (CNA). Kardinalovi posmrtni ostaci položeni su u grobnicu zagrebačkih nadbiskupa iza glavnog oltara zagrebačke prvostolnice, uz lijes kardinala Alojzija Stepinca s kojim je bio gotovo sudbinski povezan za života.

Na službi prefekta Kongregacije za nauk vjere Šepera je naslijedio kardinal Joseph Ratzinger (Benedikt XVI.), koji je tu službu obnašao sve do izbora za papu.

Prema: Kolarić, J. (1995) Franjo Šeper. U: F. Mirošević, ur. Zagrebački biskupi i nadbiskupi. Zagreb: Školska knjiga, str. 503. – 508.